TłoEdit

Prawdziwe zrozumienie różnicowania komórek w układzie odpornościowym będzie wymagało ogólnej perspektywy profilu transkrypcyjnego każdego typu komórek adaptacyjnego i wrodzonego układu odpornościowego oraz tego, jak te profile ewoluują poprzez różnicowanie komórek lub aktywację przez immunogenne lub tolerogenne ligandy. Projekt ImmGen ma na celu ustalenie mapy drogowej tych stanów transkrypcyjnych.

Kompendium ekspresji genówEdit

Pierwszym celem ImmGen jest wygenerowanie kompendium całogenomowych profili transkrypcyjnych (początkowo przez mikromacierze, obecnie głównie przez sekwencjonowanie RNA) dla niemal wszystkich scharakteryzowanych populacji komórek adaptacyjnego i wrodzonego układu odpornościowego u myszy, na głównych etapach różnicowania i aktywacji. Prace te prowadzone są przez grupę współpracujących ze sobą laboratoriów badawczych z dziedziny immunologii w Stanach Zjednoczonych. Każde z laboratoriów wnosi unikalne doświadczenie w zakresie określonej linii komórkowej, a wszystkie stosują standardowe procedury sortowania komórek. Kompendium danych mikromacierzy obejmuje obecnie ponad 250 immunologicznie istotnych typów komórek, ze wszystkich organów limfoidalnych i innych tkanek, które są monitorowane przez komórki odpornościowe.

PublikacjeEdit

W miarę gromadzenia kompendium publikowano serię raportów ImmGen. Niektóre raporty dotyczące linii rozwojowych opisywały hematopoetyczne komórki macierzyste, naturalne komórki zabójcze, neutrofile, komórki B i T, naturalne komórki zabójcze, makrofagi, komórki dendrytyczne, komórki T alfa beta, komórki T gamma delta, aktywowane komórki T CD8, wrodzone komórki limfoidalne i komórki zrębu węzła chłonnego.Chociaż większość profilowania transkrypcyjnego przeprowadzono na myszach B6, badano również wpływ zmienności genetycznej.Druga faza ImmGen rozpoczęła profilowanie aktywowanych komórek odpornościowych. Odpowiedź na interferon została wykorzystana jako przypadek testowy.

Bioinformatyczny model sieci regulacji genówEdit

Kilka grup współpracujących biologów obliczeniowych (Regev & Koller) wykorzystało dane do odwrócenia inżynierii genetycznej sieci regulacyjnej w komórkach odpornościowych i porównania jej z ludzkim układem odpornościowym.

Wizualna reprezentacja danychEdit

Uczestnicy projektu z Wydziału Informatyki Uniwersytetu Browna badają również nowe sposoby reprezentacji danych ImmGen, rozwijając i pielęgnując publiczną reprezentację.

MembersEdit

Uczestniczące laboratoria immunologiczne obejmują Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Activated CD8 T cells, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T cells, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (komórki T alfa beta, HMS, Boston), Merad i Randolph (monocyty & makrofagi, Mount Sinai, Nowy Jork i Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston), i Wagers (HSC, Joslin, Boston) laboratoria.