Immunocytochemia różni się od immunohistochemii tym, że ta pierwsza jest wykonywana na próbkach nienaruszonych komórek, z których usunięto większość, jeśli nie wszystkie, otaczającej je macierzy zewnątrzkomórkowej. Obejmuje to pojedyncze komórki, które zostały wyizolowane z bloku tkanki stałej, komórki wyhodowane w hodowli, komórki osadzone w zawiesinie lub komórki pobrane z rozmazu. W przeciwieństwie do tego, próbki immunohistochemiczne są sekcjami tkanki biologicznej, gdzie każda komórka jest otoczona przez architekturę tkanki i inne komórki normalnie występujące w nienaruszonej tkance.Immunocytochemia jest techniką stosowaną do oceny obecności specyficznego białka lub antygenu w komórkach (hodowanych komórkach, zawiesinach komórkowych) poprzez zastosowanie specyficznego przeciwciała, które wiąże się z nim, umożliwiając w ten sposób wizualizację i badanie pod mikroskopem. Jest to cenne narzędzie do określania zawartości komórkowej z pojedynczych komórek. Próbki, które mogą być analizowane obejmują rozmaz krwi, aspiraty, wymazy, komórki hodowlane i zawiesiny komórkowe.

Istnieje wiele sposobów przygotowania próbek komórek do analizy immunocytochemicznej. Każda metoda ma swoje mocne strony i unikalne właściwości, więc można wybrać odpowiednią metodę dla pożądanej próbki i wyniku.

Komórki, które mają być wybarwione, mogą być przymocowane do stałego podłoża, aby umożliwić łatwą obsługę w kolejnych procedurach. Można to osiągnąć kilkoma metodami: komórki przylegające mogą być hodowane na szkiełkach mikroskopowych, szkiełkach nakrywkowych lub optycznie odpowiednim podłożu z tworzywa sztucznego. Komórki w zawiesinie mogą być odwirowane na szkiełkach szklanych (cytospin), związane ze stałym podłożem za pomocą łączników chemicznych, lub w niektórych przypadkach przenoszone w zawiesinie.

Skoncentrowane zawiesiny komórkowe, które istnieją w środowisku o niskiej lepkości są dobrymi kandydatami do przygotowania rozmazu. Rozcieńczone zawiesiny komórkowe istniejące w rozcieńczonym medium najlepiej nadają się do przygotowania cytospin poprzez cytowirowanie. Zawiesiny komórkowe, które istnieją w środowisku o dużej lepkości, najlepiej nadają się do badania jako preparaty wymazowe. Stałą cechą tych preparatów jest to, że cała komórka znajduje się na powierzchni szkiełka. Aby mogła zajść jakakolwiek reakcja międzykomórkowa, immunoglobulina musi najpierw przejść przez błonę komórkową, która w tych preparatach jest nienaruszona. Reakcje zachodzące w jądrze mogą być trudniejsze, a płyny pozakomórkowe mogą stwarzać wyjątkowe przeszkody w przeprowadzaniu immunocytochemii. W tej sytuacji konieczne staje się permeabilizowanie komórek przy użyciu detergentu (Triton X-100 lub Tween-20) lub wybór organicznych środków utrwalających (aceton, metanol lub etanol).

Przeciwciała są ważnym narzędziem do wykazania zarówno obecności, jak i subkomórkowej lokalizacji antygenu. Barwienie komórek jest bardzo wszechstronną techniką i, jeżeli antygen jest wysoce zlokalizowany, może wykryć tak mało jak tysiąc cząsteczek antygenu w komórce. W pewnych okolicznościach, barwienie komórkowe może być również stosowane do określenia przybliżonego stężenia antygenu, zwłaszcza przez analizator obrazu.

.