Cechy wyróżniające

Końcówka 5′ genomu posiada czapeczkę typu I (m7GpppAmp) niespotykaną u wirusów innych rodzajów. Większość flawiwirusów jest przenoszona na żywicieli kręgowych przez stawonogi, komary lub kleszcze, w których aktywnie się replikują. Niektóre flawiwirusy przenoszą się między gryzoniami lub nietoperzami bez znanych wektorów stawonogów.

Wirion

Morfologia

Wiriony mają średnicę 50 nm i kulisty kształt (rysunek 1.Flavivirus). Można wyróżnić dwie formy wirusa. Dojrzałe wirusy zawierają dwa zakodowane w wirusie białka związane z błoną, E i M. Niedojrzałe wirusy wewnątrzkomórkowe zawierają prekursor prM, który jest proteolitycznie rozszczepiany do M podczas dojrzewania (Stadler et al., 1997). W niektórych przypadkach z zakażonych komórek uwalniane są również formy częściowo dojrzałe/ niedojrzałe. Struktury wirionów wirusa dengi (DENV) i wirusa Zachodniego Nilu (WNV) zostały określone metodą krystalografii rentgenowskiej (Kuhn i in., 2002, Mukhopadhyay i in., 2003). Białko otoczki, E, jest dimeryczną cząsteczką o kształcie pręta, która jest zorientowana równolegle do błony i nie tworzy kolców w swojej konformacji w neutralnym pH (Yu i in., 2008). Rekonstrukcje obrazu z mikrografów krioelektronowych (Rysunek 1.Flavivirus) wykazały, że otoczka wirionu ma symetrię ikosaedryczną, w której dimery białka E są zorganizowane w układzie przypominającym jodełkę.

Właściwości fizykochemiczne i fizyczne

Wirion Mr nie został dokładnie określony. Dojrzałe wirusy sedymentują przy około 200S i mają gęstość wyporu około 1,19 g cm-3 w sacharozie (Kokorev et al., 1976). Wirusy są stabilne w lekko zasadowym pH 8,0, ale łatwo ulegają inaktywacji pod wpływem kwaśnego pH, temperatury powyżej 40 °C, rozpuszczalników organicznych, detergentów, światła ultrafioletowego i promieniowania gamma.

Kwas nukleinowy

RNA wirionów flawiwirusów jest dodatnio-sensownym zakaźnym ssRNA o długości 9,2-11,0 kb. Koniec 5′ genomu posiada czapeczkę typu I (m-7GpppAmp), gdzie po A następuje wysoce konserwatywny nukleotyd G. Końce 3′-końca pozbawione są końcowego traktu poli(A) i zakończone są konserwowanym dinukleotydem CU.

Białka

Wirusy zawierają trzy białka strukturalne: kapsyd (C, 11 kDa), główne białko otoczki (E, 50 kDa), i albo prM (26 kDa), w niedojrzałych wirusach, albo M (8 kDa), w dojrzałych wirusach. Białko E jest wirusową hemaglutyniną, która pośredniczy zarówno w wiązaniu się z receptorem, jak i w zależnej od kwaśnego pH aktywności syntezy po wychwyceniu przez endocytozę indukowaną receptorem. W zakażonych komórkach syntetyzowanych jest siedem białek niestrukturalnych: NS1 (46 kDa), NS2A (22 kDa), NS2B (14 kDa), NS3 (70 kDa), NS4A (16 kDa), NS4B (27 kDa) i NS5 (103 kDa). Niektórzy członkowie rodzaju posiadają sekwencje, które wydają się skłaniać część rybosomów ulegających translacji do przesunięcia o -1 nt i kontynuowania translacji w nowej ramce odczytu w celu wytworzenia białka fuzyjnego „transframe” (Firth i Atkins 2009). Gdy jest to funkcjonalnie wykorzystywane, określa się to jako programowane-1 rybosomalne przesunięcie ramki (programmed-1 ribosomal frameshifting, -1 PRF). NS1 ma wiele form i ról, z formą związaną z komórkami funkcjonującą w replikacji wirusowego RNA i formą wydzielaną, która reguluje aktywację dopełniacza. Jedna z takich form, białko NS1′, jest produktem zmiany ramki -1 rybosomalnej i odgrywa rolę w neuroinwazyjności wirusa (Melian i in., 2010). N-końcowa jedna trzecia NS1 tworzy wraz z NS2B kompleks wirusowej proteazy serynowej, który jest zaangażowany w przetwarzanie poliproteiny. C-końcowa część NS3 zawiera domenę helikazy RNA zaangażowaną w replikację RNA, jak również aktywność trifosfatazy RNA, która jest prawdopodobnie zaangażowana w tworzenie struktury 5′-końcowego czapeczki wirusowego RNA. NS5 jest największym i najbardziej konserwowanym białkiem, które działa jako wirusowy RdRP i również posiada aktywność metylotransferazy zaangażowanej w modyfikację struktury kapu wirusowego.

Lipidy

Wirusy zawierają około 17% wagowych lipidów; lipidy pochodzą z błon komórek gospodarza.

Węglowodany

Wirusy zawierają około 9% wagowych węglowodanów (glikolipidy, glikoproteiny); ich skład i struktura zależą od komórki gospodarza (kręgowca lub stawonoga). Miejsca N-glikozylacji są obecne w białkach prM (1 do 3 miejsc), E (0 do 2 miejsc) i NS1 (1 do 3 miejsc).

Organizacja genomu i replikacja

Genomowe RNA reprezentuje jedyne wirusowe RNA posłańca w zakażonych komórkach. Składa się z pojedynczego długiego ORF o długości ponad 10 000 nt, który koduje wszystkie białka strukturalne i niestrukturalne i jest otoczony przez NCR na 5′- i 3′-końcowym końcu (Rysunek 2.Flavivirus).

Zarówno 5′-NCR jak i 3′-NCR zawierają motywy sekwencji RNA, które są zaangażowane w translację wirusowego RNA, replikację i prawdopodobnie pakowanie. Chociaż struktura drugorzędowa RNA i funkcja niektórych elementów są zachowane, skład sekwencji, długość i dokładna lokalizacja mogą się znacznie różnić między różnymi członkami rodzaju, w szczególności między flawiwirusami przenoszonymi przez kleszcze i komary. W niektórych przypadkach 3′-NCR wirusa kleszczowego zapalenia mózgu, na przykład, zawiera wewnętrzną ścieżkę poli(A). Infekcja wirusowa wywołuje dramatyczną rearanżację struktur błony komórkowej w obrębie okołojądrowego retikulum endoplazmatycznego (ER) i powoduje powstawanie pęcherzykowych pakietów pochodzących z ER, które najprawdopodobniej stanowią miejsca replikacji wirusa. Po translacji przychodzącego genomowego RNA, replikacja RNA rozpoczyna się od syntezy komplementarnych nici ujemnych, które są następnie wykorzystywane jako szablony do produkcji dodatkowych cząsteczek o dodatniej długości nici genomowej. Są one syntetyzowane w mechanizmie półkonserwatywnym z udziałem replikacyjnych intermediatów (zawierających regiony dwuniciowe oraz powstające cząsteczki jednoniciowe) oraz form replikacyjnych (cząsteczki dupleksowe RNA). Translacja rozpoczyna się zwykle od pierwszego AUG w ORF, ale może również zachodzić od drugiego AUG w ramce, znajdującego się 12-14 kodonów niżej u flawiwirusów przenoszonych przez komary. Poliproteina jest przetwarzana przez proteazy komórkowe i wirusową proteazę serynową NS2B-NS3, dając początek dojrzałym białkom strukturalnym i niestrukturalnym. Topologia białek w stosunku do ER i cytoplazmy jest określana przez wewnętrzne sekwencje sygnałowe i stop-transferowe. Cząstki wirusa można najpierw zaobserwować w szorstkim retikulum endoplazmatycznym, które jest uważane za miejsce składania wirusa. Te niedojrzałe wirusy są następnie transportowane przez systemy błonowe szlaków wydzielniczych gospodarza na powierzchnię komórki, gdzie dochodzi do egzocytozy. Tuż przed uwolnieniem wirionu białko prM jest rozszczepiane przez furynę lub komórkową proteazę podobną do furyny, co prowadzi do powstania dojrzałych wirionów. Zakażone komórki uwalniają również niezakaźną cząstkę subwirusową, która ma niższy współczynnik sedymentacji niż cały wirus (70S zamiast 200S) i wykazuje aktywność hemaglutynacji.

Biologia

Zakres żywicieli

Flawiwirusy mogą zakażać różne gatunki kręgowców i w wielu przypadkach stawonogów. Niektóre wirusy mają ograniczony zakres żywicieli kręgowych (np. tylko naczelne), podczas gdy inne mogą zakażać i replikować się u wielu różnych gatunków (ssaki, ptaki, itp.). Zwykłą drogą zakażenia stawonogów jest odżywianie się przez nie na żywicielu kręgowym, ale w przypadku flawiwirusów przenoszonych przez kleszcze opisano również nie-wirusowe przenoszenie między wektorami. Nowa grupa niesklasyfikowanych wirusów z tego rodzaju, w tym wirus czynnika rozszczepiającego komórki, wydaje się zakażać tylko komary, a kilka innych, wysoce genetycznie odrębnych flawiwirusów występujących tylko u owadów zostało obecnie zidentyfikowanych (Blitvich i Firth 2015).

Przekazywanie

Większość flawiwirusów to wirusy przenoszone przez stawonogi z cyklami przenoszenia z hematofagicznych wektorów stawonogów na żywicieli kręgowców. Około 50% znanych flawiwirusów przenoszonych jest przez komary, 28% przez kleszcze, a pozostałe przenoszą się między gryzoniami lub między nietoperzami bez znanych wektorów stawonogów. Dla niektórych flawiwirusów cykl przenoszenia nie został jeszcze zidentyfikowany. W niektórych przypadkach flawiwirusy mogą być przenoszone na ludzi przez produkty krwiopochodne, przeszczepy organów, niepasteryzowane mleko lub aerozole. Wiadomo, że niektóre flawiwirusy przenoszone przez kleszcze mogą być przenoszone bezpośrednio pomiędzy kleszczami w procesie znanym jako przenoszenie niewirowe. U stawonogów-wektorów wirusy mogą być również przenoszone trans-owarialnie lub pionowo (komary, kleszcze) i transstadialnie (kleszcze). Mechanizmy przenoszenia wirusów z udziałem wyłącznie owadzich flawiwirusów mogą obejmować przenoszenie pionowe, ale należy rozważyć inne mechanizmy, aby wyjaśnić sukces, z jakim wirusy te rozprzestrzeniły się na całym świecie.

Rozmieszczenie geograficzne

Flawiwirusy mają rozmieszczenie na całym świecie, ale poszczególne gatunki są ograniczone do określonych obszarów endemicznych lub epidemicznych (np, wirus żółtej gorączki w tropikalnych i subtropikalnych regionach Afryki i Ameryki Południowej; wirus dengi w tropikalnych obszarach Azji, Oceanii, Afryki, Australii i obu Ameryk; wirus japońskiego zapalenia mózgu w południowo-wschodniej Azji; wirus kleszczowego zapalenia mózgu w Europie i północnej Azji).

Patogenność

Ponad 50% znanych flawiwirusów było związanych z chorobami u ludzi, w tym wiele ważnych patogenów ludzkich, takich jak wirus żółtej gorączki, wirus dengi, wirus Zika, wirus japońskiego zapalenia mózgu, wirus Zachodniego Nilu i wirus kleszczowego zapalenia mózgu. Wywołane choroby mogą być związane z objawami ze strony ośrodkowego układu nerwowego (np. zapalenie opon mózgowych, zapalenie mózgu), gorączką, bólem stawów, wysypką i gorączką krwotoczną. Kilka flawiwirusów jest patogennych dla zwierząt domowych lub dzikich (indyk, świnia, koń, owca, pies, głuszec, piżmak) i powoduje choroby o znaczeniu gospodarczym.

Antygeniczność

Wszystkie flawiwirusy są spokrewnione serologicznie, co można wykazać za pomocą testów wiążących, takich jak ELISA oraz zahamowania hemaglutynacji przy użyciu przeciwciał poliklonalnych i monoklonalnych. Testy neutralizacji są bardziej dyskryminujące i zostały wykorzystane do identyfikacji bliżej spokrewnionych serokompleksów Flavivirus (jak wskazano na rysunku 1. Flaviviridae), chociaż nie do poziomu gatunku. Białko otoczki E jest głównym celem dla przeciwciał neutralizujących i indukuje odporność ochronną. Białko E indukuje również nieneutralizujące przeciwciała reagujące krzyżowo z flawiwirusami. Miejsca antygenowe zaangażowane w neutralizację zostały przypisane do każdej z trzech domen strukturalnych białka E. Białka prM i NS1 mogą również indukować przeciwciała, które chronią zakażone zwierzęta przed śmiertelną infekcją.

Kryteria rozgraniczenia gatunków

Kryteria rozgraniczenia gatunków w rodzaju obejmują:

• Dane dotyczące sekwencji nukleotydów i wydedukowanych aminokwasów.
• Właściwości antygenowe.
• Związek geograficzny.
• Związek wektorowy.
• Związek gospodarza.
• Związek chorobowy.
• Właściwości ekologiczne.

Demarkacja gatunków uwzględnia kombinację każdego z kryteriów wymienionych powyżej. Podczas gdy pokrewieństwo sekwencji nukleotydów i wynikające z niego filogenezy są ważnymi kryteriami rozgraniczania gatunków, inne wymienione kryteria mogą być szczególnie użyteczne w rozgraniczaniu genetycznie blisko spokrewnionych wirusów. Na przykład dalekowschodnie (FE) szczepy wirusa kleszczowego zapalenia mózgu wykazują wyraźne różnice ekologiczne w porównaniu z wirusem omskiej gorączki krwotocznej, pomimo faktu, że są one genetycznie stosunkowo blisko spokrewnione. Szczepy FE wirusa kleszczowego zapalenia mózgu są związane głównie z kleszczami Ixodes persulcatus w środowisku leśnym w dalekiej wschodniej Rosji, podczas gdy wirus omskiej gorączki krwotocznej występuje w stepowych regionach zachodniej Syberii, związany głównie z Dermacentor spp. i w mniejszym stopniu z Ixodes spp. Wirusy te są również antygenowo rozróżnialne w testach neutralizacji, w których wykorzystuje się surowice rekonwalescentów.

Wirus choroby skokowej i wirus kleszczowego zapalenia mózgu stanowią kolejny przykład wirusów, w przypadku których, pomimo bliskich związków genetycznych i podobnych zakresów żywicieli, wykazują one różne ekologie (wrzosowiska versus lasy), patogeniczność (cietrzew, owce/kózki versus ludzie) i rozmieszczenie geograficzne (Wielka Brytania versus Europa/Eurazja), co uzasadnia ich klasyfikację jako członków odrębnych gatunków, wirusa choroby skokowej i wirusa kleszczowego zapalenia mózgu.

Tabela 1.Flavivirus. Flawiwirusy pogrupowane według wektora i żywiciela.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Gatunek wirusa	Nazwa wirusa	Numer akredytacji	Skrót nazwy wirusa
Tick-przenoszone, żywiciel ssaki
Wirus choroby leśnej	Wirus choroby leśnej	DQ235145	GYV
Kyasanur Wirus choroby leśnej	Kyasanur Wirus choroby leśnej	AY323490	KFDV
	Wirus gorączki krwotocznej Alkhumra	AF331718	AHFV
Wirus Langatu	Wirus Langata	AF253419	LGTV
Wirus choroby wrzodowej chory wirus	Louping chory wirus	Y07863	LIV
	Podtyp brytyjski	D12937	LIV-.Brit
	Podtyp irlandzki	X86784	LIV-Ir
	Podtyp hiszpański	DQ235152	LIV-.Hiszpania
	Podtyp wirusa tureckiego zapalenia mózgu owiec	DQ235151	TSEV
	Podtyp wirusa greckiego zapalenia mózgu kóz Podtyp wirusa	DQ235153	GGEV
Wirus gorączki krwotocznej Omska	Wirus gorączki krwotocznej Omska	AY193805	OHFV
Wirus Powassan	Wirus Powassan	L06436	POWV
	wirus kleszczy jeleni	AF311056	DTV
wirus królewskiej farmy	Royal Farm virus	DQ235149	RFV
Wirus kleszczowego zapalenia mózguWirus kleszczowego zapalenia mózgu	Podtyp europejski	U27495	TBEV-Eur
	Podtyp dalekowschodni	X07755	TBEV-.FE
	Podtyp syberyjski	L40361	TBEV-Sib
Zakażenie kleszczami, żywiciel ptak morski
Wirus Meaban	Wirus Meaban	DQ235144	MEAV
Wirus rafy Saumareza	Wirus rafy Saumareza wirus	DQ235150	SREV
Tyuleniy virus	Wirus Tyulenij	KF815939	TYUV
Prawdopodobnie przenoszony przez kleszczeprzenoszony przez kleszcze
Wirus Kadam	Wirus Kadam wirus	DQ235146	KADV
Mosquito-przenoszone, Grupa wirusa Aroa
Wirus Aroa	Wirus Aroa	AY632536	AROAV
	Wirus Bussuquara	AF013366	BSQV
	Iguape virus	AF013375	IGUV
	Wirus Naranjal	AF013390	NJLV
Mosquito-przenoszone, Grupa wirusów dengi
Wirus dengi	Wirus dengi 1	U88536	DENV-1
	Wirus dengi 2	U87411	DENV-2
	Wirus dengi 3	M93130	DENV-.3
	Wirus dengi 4	AF326573	DENV-4
Przenoszony przez komary, Grupa wirusów japońskiego zapalenia mózgu
Wirus Kacipacore	Wirus Kacipacoré	KF917536	CPCV
Wirus japońskiego	AF013384	KOUV
Wirus zapalenia mózgu Doliny Murray	Wirus Alfuy	AF013360	ALFV
	Murray Valley encephalitis virus	AF161266	MVEV
St Louis encephalitis virus	St. Louis encephalitis virus	DQ525916	SLEV
Wirus Usutu	Wirus Usutu	Wirus Usutu	AY453411	USUV
Wirus Zachodniego Nilu	Wirus Kunjin	D00246	KUNV
	Wirus Zachodniego Nilu	M12294	WNV
Wirus Yaounde	Wirus Yaounde	AF013413	YAOV
Mosquito-przenoszone, Grupa wirusa Kokobera
Wirus Kokobera	Wirus Kokobera	AY632541	KOKV
	Wirus Stratford	AF013407	STRV
Mosquito-przenoszone, Grupa wirusa Ntaya
Wirus Bagaza	Wirus Bagaza	AY632545	BAGV
Wirus Ilheus	Wirus Ilhéus	AY632539	ILHV
	Rocio virus	AF013397	ROCV
Izraelski wirus zapalenia opon mózgowych indyków	Izraelski wirus zapalenia opon mózgowych indyków wirus zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych	AF013377	ITV
Ntaya wirus	Ntaya virus	JX236040	NTAV
Tembusu wirus	Tembusu	JF895923	TMUV
Zika wirus	Wirus Zika	AY632535	ZIKV
Mosquito-przenoszony przez komary, grupa wirusów żółtej gorączki
Wirus Sepik	Wirus Sepik	DQ837642	SEPV
Wirus Wesselsbron	Wirus Wesselsbron wirus	EU707555	WESSV
Wirus żółtej gorączki	wirus gorączki żółtej	X03700	YFV
Prawdopodobnie przenoszony przez komary.borne, Grupa wirusa Kedougou
Wirus Kedougou	Wirus Kedougou	AY632540	KEDV
Prawdopodobnie przenoszony przez komary, Grupa wirusów Edge Hill
Wirus Banzi	Wirus Banzi	Wirus Banzi	DQ859056	BANV
Wirus Bouboui	Wirus Bouboui	Wirus Bouboui	DQ859057	BOUV
Wirus Edge Hill	Wirus Edge Hill virus	DQ859060	EHV
Jugra virus	Jugra wirus	DQ859066	JUGV
Wirus Saboya	Potiskum virus	DQ859067	POTV
	Saboya virus	Saboya wirus	DQ859062	SABV
Uganda S virus	Uganda S virus	DQ859065	UGSV
Nieznany wektor, Grupa wirusów nietoperza Entebbe
Wirus nietoperza Entebbe	Wirus nietoperza Entebbe	Wirus nietoperza Entebbe	DQ837641	ENTV
Wirus Sokuluk	Wirus Sokuluk	AF013405	SOKV
Wirus Yokose	Wirus Yokose wirus	AB114858	YOKV
Nieznany wektor, Grupa wirusów Modoc
Wirus Apoi	Wirus Apoi	Wirus Apoi	AF160193	APOIV
Cowbone Ridge virus	Cowbone Ridge virus	Cowbone Ridge virus	AF013370	CRV
Jutiapa wirus	Jutiapa virus	KJ469371	JUTV
Modoc virus	Modoc virus	AJ242984	MODV
Wirus Sal Vieja	Wirus Sal Vieja	Wirus Sal Vieja	AF013401	SVV
San Perlita virus	San Perlita virus	San Wirus Perlita	AF013402	SPV
Nieznany wektor, Grupa wirusów Rio Bravo
Wirus nietoperza Bukalasa	Wirus nietoperza Bukalasa	AF013365	BBV
Wirus z wyspy Kary	Wirus z wyspy Kary	AF013368	CIV
Dakarski wirus nietoperzy	Dakarski wirus nietoperzy	AF013371	DBV
Montana Myotis leukoencephalitis virus	Montana myotis leukoencephalitis virus	AJ299445	MMLV
Phnom Penh bat virus	Batu Cave virus	AF013369	BCV
		Phnom Penh bat virus	AF013394	PPBV
Rio Bravo virus	Rio Bravo virus	AF144692	RBV

Gatunek członkowski

.

.

.

.

.

.

.

.

.

	Gatunek	Nazwa wirusa	Izolat	Numer akcydensowy	Numer refSeq	Dostępna sekwencja	Krótki skrót wirusa.
	Apoi virus	Apoi virus	ApMAR	AF160193	NC_003676	Kompletny genom	APOIV
	Aroa virus	Aroa virus	Aroa virus	BeAn 4073	AY632536	NC_009026	Kompletny genom	AROAV
	Aroa virus	VenA-1809	AF013362		Częściowy genom	AROAV
	Wirus Aroa	Bussuquara Wirus	BeAn 4073	AF013366		Częściowy genom	BSQV
	Wirus Aroa	Wirus Aroa	Iguape virus	SP An71686	AF013375		Częściowy genom	IGUV
	Aroa virus	Aroa wirus	Wirus Naranjal	25008	AF013390		Częściowy genom	NJLV
	Wirus Bagaza	Wirus Bagaza	DakAr B209	AY632545	NC_012534	Kompletny genom	BAGV
	Wirus Banzi	Wirus Banzi	SAH 366	DQ859056	NC_043110	Kompletny genomu	BANV
	Wirus Bouboui	Wirus Bouboui	DAK AR B490	DQ859057	NC_033693	Kompletny genom	BOUV
	Wirus nietoperza Bukalasa	Wirus nietoperza Bukalasa	UGBP-.111	AF013365	NC_043111	Częściowy genom	BBV
	Wirus kacyfakory	Wirus kacyfakory	BeAn 3276000	KF917536	NC_026623	Kompletny genom	CPCV
	Wirus Wyspy Kary	Wirus Wyspy Kary	P70-1215	AF013368	NC_043112	Częściowy genom	CIV
	Wirus Cowbone Ridge	Wirus Cowbone Ridge	W-10986	AF013370	NC_043113	Częściowy genom	CRV
	Wirus nietoperzy dakarskich	Wirus nietoperzy dakarskich	209	AF013371	NC_043114	Częściowy genom	DBV
	Wirus dengi	wirus dengi typu 2	16681	U87411	NC_001474	Kompletny genom	DENV-2
	wirus dengi	wirus dengi typu 1	45AZ5	U88536		kompletny genom	DENV-1
	wirus dengi	wirus dengi typu 3	H87	M93130		kompletny genom	DENV-3
	wirus dengi	wirus dengi typu 4	814669	AF326573		kompletny genom	DENV-4
	Wirus Edge Hill	Wirus Edge Hill	YMP 48	DQ859060	NC_030289	Kompletny genom	EHV
	Wirus nietoperza Entebbe	Wirus nietoperza Entebbe	UgIL-30	DQ837641	NC_008718	Kompletny genom	ENTV
	Wirus nietoperza z gatunku Entebbe	Wirus Sokuluk	LEIV-400K	AF013405		Częściowy genom	SOKV
	Wirus Gadgets Gully wirus	Gadgets Gully virus	Aus	DQ235145	NC_033723	Kompletny genom	GGYV
	Wirus Ilheus	Wirus Ilhéus	Original	AY632539	NC_009028	Kompletny genom	ILHV
	Ilheus virus	Rocio virus	H-34675	AF013397		Częściowy genom	ROCV
	Izraelski wirus zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych indyków wirus	Izraelski wirus zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych indyków		AF013377	NC_043115	Częściowy genom	ITV
	Wirus japońskiego zapalenia mózgu	Japońskie zapalenie mózgu	JaOArS982	M18370	NC_001437	Kompletny genom	JEV
	Wirus Jugra	Wirus Jugra	P-9-314	DQ859066	NC_033699	Kompletny genom	JUGV
	Wirus Jutiapa	Wirus Jutiapa	JG-128	KJ469371	NC_026620	Kompletny genom	JUTV
	Wirus Kadam	Wirus Kadam	Uganda	DQ235146	NC_033724	Kompletny genom	KADV
	Wirus Kedougou	Wirus Kedougou	DakAar D1470	AY632540	NC_012533	Kompletny genom	KEDV
	Wirus Kokobera	Wirus Kokobera	AusMRM 32	AY632541	NC_009029	Kompletny genom	KOKV
	Wirus Kokobera	Wirus Stratford	AUSC-338	AF013407		Częściowy genom	STRV
	Wirus Koutango	Wirus Koutango	Dak Ar D1470	AF013384	NC_043116	Częściowy genom	KOUV
	Wirus choroby leśnej Kyasanur	Wirus choroby leśnej Kyasanur		AY323490	NC_039218	Kompletny genom	KFDV
	Wirus choroby leśnej Kyasanur	Alkhumra Wirus gorączki krwotocznej	1176	AF331718		Kompletny genom	AHFV
	Wirus Langat	Wirus Langat	TP21	AF253419	NC_003690	Kompletny genom	LGTV
	wirus choroby skokowej	wirus choroby skokowej	369/T2	Y07863	NC_001809	kompletny genom	LIV
	wirus choroby skokowej	wirus choroby skokowej-Podtyp brytyjski	LI/31	D12937		Częściowy genom	LIV-.Brit
	wirus choroby wrzodowej	podtyp irlandzki wirusa choroby wrzodowej	LI/MA54	X86784		Częściowy genom	LIV-Ir
	Wirus choroby wrzodowej	Podtyp hiszpański wirusa choroby wrzodowej	87/2617	DQ235152		Kompletny genom kodujący	LIV-Hiszpania
	Wirus choroby skokowej	Podtyp wirusa tureckiego zapalenia mózgu owiec	TTE80	DQ235151		Kompletny genom kodujący	TSEV
	Wirus choroby skokowej	Podtyp wirusa encefalitits kozy greckiej	Podtyp wirusa encefalitits kozy greckiej	Vergina	DQ235153		Kompletny genom kodujący	GGEV
	Wirus Meaban	Wirus Meaban wirus	Francja	DQ235144	NC_033721	Kompletny genom	MEAV
	Modoc virus	Modoc wirus	M544	AJ242984	NC_003635	Genom kompletny	MODV
	Montana myotis leukoencephalitis virus	Montana myotis leukoencephalitis virus	USA	AJ299445	NC_004119	Kompletny genom	MMLV
	Wirus zapalenia mózgu doliny Murray	Wirus zapalenia mózgu doliny Murray	18629	AF161266	NC_000943	Kompletny genom	MVEV
	Wirus zapalenia mózgu doliny Murray	Wirus Alfuy	MRM-3929	AF013360		Częściowy genom	ALFV
	Wirus Ntaya	Ntaya wirus	IPDIA	JX236040	NC_018705	Kompletny genom	NTAV
	Omski wirus gorączki krwotocznej	Omski wirus gorączki krwotocznej	Bogoluvovska	AY193805	NC_005062	Kompletny genom	OHFV
	Phnom Penh bat virus	Phnom Penh bat virus	CAMA-.38D	AF013394		Częściowy genom	PPBV
	Phnom Penh bat virus	Batu Cave virus	P70-1459	AF013369		Częściowy genom	BCV
	Wirus Powassan	Wirus Powassan wirus	LB	L06436	NC_003687	Kompletny genom	POWV
	Wirus Powassan	Wirus kleszczy jeleniowatych	Wirus kleszcza jelenia	ctb30	AF311056		Kompletny genom kodujący	DTV
		Wirus Rio Bravo	Wirus Rio Bravo	RiMAR	AF144692	NC_003675	Kompletny genom	RBV
	Wirus Królewskiej Farmy	Wirus Królewskiej Farmy	Afganistan	DQ235149	NC_039219	Kompletny genomu	RFV
	Wirus Saboya	Wirus Saboya	Dak AR D4600	DQ859062	NC_033697	Kompletny genom	SABV
	Wirus Saboya	Wirus Potiskum	IBAN 10069	DQ859067		Kompletny genom kodujący	POTV
	Wirus zapalenia mózgu Saint Louis	St. Louis encephalitis virus	Kern217	DQ525916	NC_007580	Częściowy genom	SLEV
	Sal Vieja virus	38TWM-.106	AF013401	NC_043117	Częściowy genom	SVV
	Wirus San Perlita	Wirus San Perlita	71V-1251	AF013402	NC_043118	Częściowy genom	SPV
	Saumarez Reef virus	Saumarez Reef wirus	Australia	DQ235150	NC_033726	Kompletny genom	SREV
	Wirus Sepik	Wirus Sepik	Wirus Sepik	MK7148	DQ837642	NC_008719	Kompletny genom	SEPV
	Tembusu Wirus	Wirus Tembusu	JS804	JF895923	NC_015843	Genom kompletny	TMUV
	Wirus kleszczowego zapalenia mózgu	Wirus krętkaborene encephalitis virus	tick-borne encephalitis virus-European subtype	Neudoerfl	U27495	NC_001672	kompletny genom	TBEV-Eur
	Wirus kleszczowego zapalenia mózgu	Wirus kleszczowego zapalenia mózgu – podtyp dalekowschodni	Sofjin	X07755		Częściowy genom	TBEV-FE
	Wirus kleszczowego zapalenia mózgu	Wirus kleszczowego zapalenia mózgu-Podtyp syberyjski	Wasilczenko	L40361		Kompletny genom	TBEV-Sib
	Wirus Tyulenij	Wirus Tyulenij	LEIV-6C	KF815939	NC_023424	Kompletny genom	TYUV
	Wirus S z Ugandy	Wirus S z Ugandy	Uganda	DQ859065	NC_033698	Kompletny genom	UGSV
	Wirus Usutu	Wiedeń 2001	AY453411	NC_006551	Kompletny genom	USUV
	Wesselsbron virus	Wesselsbron virus	SAH177	EU707555	NC_012735	Kompletny genom	WESSV
	Wirus Zachodniego Nilu	Wirus Zachodniego Nilu	956	M12294	NC_001563	Kompletny genom	WNV
	Wirus Zachodniego Nilu	Wirus Kunjin	MRM61C	D00246		Częściowy genom	KUNV
	Wirus Jaunde	Wirus Jaunde	DakArY 276	AF013413			Częściowy genom	YAOV
	Wirus gorączki żółtej	Wirus gorączki żółtej	17D	X03700	NC_002031	Kompletny genom	YFV
	Wirus Yokose	Wirus Oita 36	AB114858	NC_005039	Kompletny genom	YOKV
	Wirus Zika wirus	Wirus Zika	MR 766	AY632535	NC_012532	Genom kompletny	ZIKV
	Wirus Zika	Wirus Zika	Pf13/251013-18	KY766069		kompletny genom	ZIKV
	Wirus Zika	Wirus Zika	H/PF/2013	KJ776791		kompletny genomu	ZIKV
	Wirus Zika	Wirus Zika	PRVABC59	KX377337		Kompletny genom	ZIKV

Nazwy wirusów, wybór przykładowych izolatów i skróty wirusów nie są oficjalnymi oznaczeniami ICTV.

Powiązane, niesklasyfikowane wirusy

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Nazwa wirusa	Numer akcesji	Skrót nazwy wirusa
Mammalian tick-	DQ859064	SPOV
Wirus T’Ho	EU879061
Wirusy owadów	Wirusy specyficzne dlaspecyficzne dla owadów flawiwirusy
Flawiwirusy Aedes	AB488408	AEFV
Aedes galloisi flavivirus	AB639347	AGFV
Flawiwirus Anopheles	KX148546	AnFV
Calbertado virus	EU569288	CLBOV
wirus czynnika spajającego komórki	M91671	CFAV
Cuacua virus	KX245154	CuCuV
Culex flavivirus	GQ165808	CXFV
Culex theileri flawiwirus	HE574574	CXthFV
Culiseta flavivirus	KT599442	CsFV
Wirus Ekwadoru Paraiso Escondido	KJ152564	EPEV
Wirus Hanko	JQ268258	HaFV
Kamiti River virus	AY149905	KRV
Mercadeo virus	KP688058	MECDV
flawiwirus komara	KC464457	MoFV
Nakiwogo wirus	GQ165809	NAKV
Wirus Nienokoue	JQ957875	NiFV
Wirus Palm Creek	KC505248	PCFV
Wirus rzeki Parramatta	KT192549	PaRV
Quảng Bình virus	FJ644291	QBV
Xishuangbanna aedes flavivirus	KU201526	XFV
Flawiwirus Yamadai	AB981186	YDFV
Wirusy bez znanego wektora stawonogów
Wirus Barkedji wirus	KC496020	BJV
Wirus Cháoyáng	FJ883471	CHAOV
Wirus Donggang	JQ086551	DONV
Ilomantsi virus	KC692067	ILOV
Wirus Kampung Karu	KY320648	KPKV
Wirus Lammi	FJ606789	LAMV
La Tina virus	KY320649	LTNV
Long Pine Key wirus	KY290256	LPKV
Wirus komaraarisma	MF139576	MMV
Wirus komara Nanay	MF139575	NANV
Wirus Ngoye	DQ400858	NGOV
Wirus Nhumirim	KJ210048	NHUV
wirusounané	EU159426	NOUV
Tamana nietoperzy	AF285080	TABV
Segmented flavi- like viruses	Segmented flavi- like viruseslike viruses
Jingmen tick virus	KJ001579; KJ001580; KJ001581; KJ001582	JMTV
Wirus kleszcza Mogiana	JX390986; KY523073; JX390985; KY523074	MGTV
Wirus Alongshan	MH158415; MH158416; MH158417; MH158418	ASV
Guaico Culex virus	KM461666; KM461667; KM461668; KM461669; KM461670	GCXV
Shuangao insect virus 7	KR902717; KR902718; KR902719; KR902720	SAIV7
Wuhan flea virus	KR902713; KR902714; KR902715; KR902716	WHFV
Wuhan aphid virus 1	KR902721; KR902722; KR902723; KR902724	WHAV1
Wuhan aphid virus 2	KR902725; KR902726; KR902727; KR902728	WHAV2
Wuhan cricket virus	KR902709; KR902710; KR902711; KR902712	WHCV

Nazwy wirusów i skróty wirusów nie są oficjalnymi oznaczeniami ICTV.