ClubEdit
Real MadridEdit
Fernando urodził się w Maladze, w Andaluzji. Po rozpoczęciu kariery w rodzinnym klubie Málaga CF, zakończył swoją piłkarską edukację w szeregach gigantów La Liga, Realu Madryt, występując raz w pierwszym zespole w sezonie 1999-2000, przeciwko Realowi Saragossa (90 minut, 1-0 wygrana u siebie).
Po tym Fernando dołączył do Realu Valladolid na zasadzie wypożyczenia, jako że wielu canteranos Realu Madryt przeniosło się do tego klubu w tym okresie (Alberto Marcos, Víctor, José García Calvo, itd.).
BetisEdit
W lecie 2002 roku Fernando podpisał kontrakt z Realem Betis, strzelając 15 bramek w swojej debiutanckiej kampanii, w której drużyna zajęła ósme miejsce, w dużej mierze dzięki jego bramkom przeciwko Máladze (3-0), RCD Espanyol (4-2) i Realowi Sociedad (3-2). Zdobył jedyne trofeum w swojej karierze w 2005 roku, zwycięstwo 2-1 w Copa del Rey nad CA Osasuną.
27 czerwca 2008 roku, ponieważ jego rola była mniejsza w latach 2005-2008 – tylko dziesięć meczów w swoim ostatnim sezonie – Fernando podpisał czteroletni kontrakt z Málagą, wracając do swojego pierwszego klubu młodzieżowego po 11 latach.
Málaga i późniejsze lataEdit
Fernando zdobył swoją pierwszą ligową bramkę dla Málagi 23 września 2009 roku przeciwko Espanyolowi, ponad rok po przybyciu; jednak stało się to w przegranym 1-2 meczu wyjazdowym. Rzadko używany w swoim debiutanckim sezonie, stał się podstawowym zawodnikiem w sezonie 2009-10, zdobywając bramki w pięciu przypadkach.
Fernando kontynuował grę w wyjściowym składzie w kampanii 2010-11, pod wodzą nowego menedżera Jesualdo Ferreiry. W drugim dniu meczowym strzelił dwa razy w wygranym 5-3 spotkaniu z Saragossą, pierwszy gol padł już po 73 sekundach. Rzadko wykorzystywany przez następnego trenera, Manuela Pellegriniego, wciąż miał udział w 21 meczach, gdy Boquerones ostatecznie uniknęli spadku.
W dniu 21 sierpnia 2011 roku, 32-letni Fernando został zwolniony z kontraktu. Po raz pierwszy przeniósł się za granicę 4 lutego następnego roku, dołączając do kilku rodaków w węgierskiej drużynie Diósgyőri VTK. Odszedł na piłkarską emeryturę w czerwcu 2013 roku.
InternationalEdit
Fernando zdobył cztery czapki dla Hiszpanii na poziomie under-21, w ciągu sześciu miesięcy. Jego pierwszy przybył 27 lutego 2001 roku, kiedy to zagrał w drugiej połowie towarzyskiej porażki 4-0 z Anglią w Birmingham.
.