De keizerspecht staat officieel op de lijst van “kritisch bedreigde soorten (mogelijk uitgestorven)” van de IUCN en BirdLife International. Historisch gezien was het geen zeldzame soort binnen een geschikte habitat, maar de totale populatie heeft waarschijnlijk nooit meer dan 8.000 individuen geteld (Lammertink et al. 1996). Op basis van het ontbreken van bevestigde waarnemingen sinds 1956 wordt aangenomen dat de resterende populatie miniem is (minder dan 50 volwassen individuen); analyses van resterende habitats wijzen uit dat er geen gebieden overblijven die groot genoeg zijn om de soort te ondersteunen. De laatste bevestigde waarneming dateert uit Durango in 1956 en de soort is nu zeer waarschijnlijk uitgestorven. Als zij zijn uitgestorven, dan is dat te wijten aan de vernietiging en versnippering van habitats in combinatie met de jacht. Deze factoren zijn er de oorzaak van dat de soort al meer dan 60 jaar niet meer is gezien, hoewel er plaatselijk meldingen zijn van waarnemingen. Onderzoekers menen dat de achteruitgang ook werd versneld door actieve uitroeiingscampagnes van de houtkapsector, door overbejaging – voor gebruik in de volksgeneeskunde, en omdat de nestjongen door de Tarahumara als een delicatesse werden beschouwd. Er is lange tijd op de keizerspecht gejaagd voor sport, voedsel en medicinale doeleinden, en naar verluidt werden veren en snavels gebruikt in rituelen van Tepheuana en Huichol-stammen in het zuiden van Durango. Bovendien zijn keizerspechten prachtige vogels, en toen de soort steeds zeldzamer werd, werden er blijkbaar veel neergeschoten door mensen die nog nooit zo’n vogel hadden gezien, en die ze van dichtbij wilden bekijken.
De habitat waarin de keizerspecht zich bevond, was overwegend in naaldbossen (terreinniveaus op 2.700-2.900 m. hoogte). Het gebied waarin zij leefden was overladen met grote dode bomen, hetgeen in verband zou kunnen worden gebracht met hun uitsterven. Tegen 2010 was het gebied meermaals ontgonnen en gekapt. In de instandhoudingsbiologie wordt steeds meer aandacht besteed aan de analyse van het risico op uitsterven en aan het zoeken naar de zeldzame, lang ongeziene soorten. Er zijn een handvol meer recente, onbevestigde waarnemingen, waarvan de meest recente kort volgde op de publicatie in 2005 van de vermeende herontdekking van de ivoorsnavelspecht. Lammertink et al. (1996) concluderen, na uitvoerige bestudering van de meldingen van na 1956, dat de soort inderdaad tot in de jaren 1990 in het centrale deel van zijn verspreidingsgebied heeft overleefd, maar achten een voortgezet voortbestaan ook zeer onwaarschijnlijk. Volgens hen was de populatie in historische tijden altijd beperkt, hoewel de soort inderdaad in maximale dichtheid aanwezig was vóór een catastrofale achteruitgang in de jaren 1950. Het gebrek aan goede gegevens uit die tijd is blijkbaar meer gebaseerd op gebrek aan onderzoek dan op feitelijke zeldzaamheid, maar dit schijnt slechts een decennium later radicaal veranderd te zijn.
Veldonderzoek door Tim Gallagher en Martjan Lammertink, gerapporteerd in Gallagher’s boek uit 2013, vond bewijs – in de vorm van verslagen van oudere bewoners in het verspreidingsgebied van de vogel, die keizerspechten tientallen jaren eerder zagen, en die hun herinneringen met de onderzoekers bespraken – dat boswachters die in de jaren 1950 met Mexicaanse houtkapbedrijven werkten, de lokale bevolking vertelden dat de spechten waardevol hout vernietigden, en de mensen aanmoedigden om de vogels te doden. Als onderdeel van deze campagne gaven de boswachters de plaatselijke bewoners gif om op de bomen te smeren waar de vogels op foerageerden. Omdat groepen keizerspechten de neiging vertoonden zich twee weken lang te voeden met één grote, dode, oude dennenboom, zou het aanbrengen van gif op zo’n boom een effectieve manier zijn om een groep van wel een dozijn van deze enorme spechten uit te roeien – en misschien zelfs om opeenvolgende groepen van de vogels te doden die zich in het gebied zouden kunnen vestigen en zich tot dezelfde boom aangetrokken zouden voelen. Gallagher vermoedt dat een dergelijke vergiftigingscampagne de sleutel zou kunnen zijn tot de catastrofale populatiedaling van de soort in de jaren 1950, waarvoor tot nu toe geen bevredigende verklaring bestond. Een vergiftigingscampagne zou in korte tijd hele groepen van de vogel kunnen hebben gedood. Het uitgangspunt om waardevol hout tegen de spechten te beschermen was in feite ongegrond. Keizerspechten foerageren niet op, en graven geen nest- of slaapplaatsen in levende, gezonde bomen.
In Gallagher’s roman The Grail Bird (2006) bespreekt hij hoe moeilijk het zoeken naar de keizerspecht is vanwege de gevaarlijke locatie. In Mexico’s Sierra Madre Occidental zijn grote gebieden waar marihuana en opiumpapaver wordt verbouwd en waar gewapende bewakers patrouilleren. De drugskartels doden vaak iedereen die te dicht bij hun gewassen komt.
Een onderzoek van de multi-instituut online specimen database VertNet onthult dat er slechts 144 fysieke specimens van de keizerlijke specht bestaan, waaronder slechts 3 bekende complete skeletten. Een over het hoofd gezien spechtskelet uit het Natural History Museum in Tring lijkt ook tot de soort te behoren. De soort is ook bekend van een enkele amateurfilm uit 1956 waarop een vogel klimmend, foeragerend en vliegend te zien is. De film is gerestaureerd en vrijgegeven door de Cornell University. Gallagher’s inspiratie om op zoek te gaan naar de keizerspecht was de ontdekking van deze film uit 1956 door tandarts William Rhein, die verscheidene reizen naar Mexico maakte op zoek naar de keizerspecht. Dit is de enige bekende fotografische opname van de soort.