Behoudens enkele van de oorspronkelijk bestudeerde enzymen, zoals pepsine, rennine en trypsine, eindigen de meeste enzymennamen op “ase”. De Internationale Unie voor Biochemie (I.U.B.) heeft normen opgesteld voor de nomenclatuur van enzymen, waarin wordt aanbevolen dat de namen van enzymen zowel het substraat als de aard van de gekatalyseerde reactie vermelden. Volgens dit systeem wordt het enzym uricase urate: O2-oxidoreductase, terwijl het enzym glutamineus oxaalazijn transaminase (GOT) L-aspartaat: 2-oxoglutaraat aminotransferase wordt genoemd.

Enzymen kunnen worden ingedeeld naar de aard van de chemische reactie die wordt gekatalyseerd.

1. Additie of verwijdering van water
   1. Hydrolases – deze omvatten esterases, koolhydrases, nucleases, deaminases, amidases, en proteases
   2. Hydrases zoals fumarase, enolase, aconitase en koolzuuranhydrase
2. Overdracht van elektronen
   1. Oxidases
   2. Dehydrogenases
3. Overdracht van een radicaal
   1. Transglycosidases -. van monosacchariden
   2. Transfosforylases en fosfomutases – van een fosfaatgroep
   3. Transaminases – van een aminogroep
   4. Transmethylases – van een methylgroep
   5. Transmethylases van een methylgroep
   6. Transacetylases – van een acetylgroep
4. Splitsing of vorming van een C-C-binding
   1. Desmolases
5. Verandering van geometrie of structuur van een molecuul
   1. Isomerases
6. Het verbinden van twee moleculen door hydrolyse van de pyrofosfaatverbinding in ATP of een ander trifosfaat
   1. Ligases