Indirecte calorimetrie meet het O2-verbruik en de CO2-productie. Uitgaande van de veronderstelling dat alle zuurstof wordt gebruikt voor de oxidatie van afbreekbare brandstoffen en alle daarbij vrijkomende CO2 wordt teruggewonnen, is het mogelijk de totale hoeveelheid geproduceerde energie te berekenen. Het moet duidelijk zijn dat onder “energieproduktie” wordt verstaan de omzetting van de chemische vrije energie van voedingsstoffen in de chemische energie van ATP plus het verlies van een deel van de energie tijdens het oxidatieproces.Respiratoire indirecte calorimetrie, of indirecte calorimetrie (IC) zoals zij door de meeste auteurs wordt genoemd, is een niet-invasieve en zeer nauwkeurige methode voor het bepalen van de stofwisselingssnelheid, die een foutenmarge van minder dan 1% heeft. Zij heeft een hoge reproduceerbaarheid en wordt beschouwd als een gouden standaardmethode. Met deze methode kunnen het BEE en de REE worden geschat en kan ook worden nagegaan welke energiesubstraten op een bepaald moment hoofdzakelijk door het lichaam worden gemetaboliseerd. Zij is gebaseerd op de indirecte meting van de warmte die wordt geproduceerd door de oxidatie van macronutriënten, die wordt geschat door het zuurstofverbruik (O2) en de kooldioxideproductie (CO2) gedurende een bepaalde tijd te meten. De calorimeter heeft een gascollector die zich aan de proefpersoon aanpast en een systeem dat van minuut tot minuut het volume en de concentraties van O2 en CO2 meet. Via een eenrichtingsventiel verzamelt en kwantificeert de calorimeter het volume en de concentratie van de door de proefpersoon ingeademde O2 en uitgeademde CO2. Nadat een volume is bereikt, wordt de energie-uitgave in rust berekend met behulp van de Weir-formule en worden de resultaten weergegeven in software die op het systeem is aangesloten. Een andere gebruikte formule is:

M = V O 2 ( R Q – 0.7 0.3 e c + 1 – R Q 0.3 e f ) {\displaystyle M=VO_{2}left({\frac {RQ-0.7}{0.3}}e_{c}+{\frac {1-RQ}{0.3}}e_{f}right)}

waarbij RQ de ademhalingsquotiënt is (verhouding tussen het geproduceerde volume CO2 en het verbruikte volume O2), e c {\displaystyle e_{c}}

is 21,13 kilojoule (5,05 kcal), de warmte die per liter zuurstof vrijkomt bij de oxidatie van koolhydraten, en e f {{displaystyle e_{f}}

is 19,62 kilojoule (4,69 kcal), de waarde voor vet. Dit geeft hetzelfde resultaat als de Weir-formule bij RQ = 1 (verbranding van alleen koolhydraten), en bijna dezelfde waarde bij RQ = 0,7 (verbranding van alleen vet).⊅∑′