AchtergrondEdit
Een goed begrip van celdifferentiatie in het immuunsysteem vereist een algemeen perspectief op het transcriptionele profiel van elk celtype van het adaptieve en aangeboren immuunsysteem, en hoe deze profielen evolueren door celdifferentiatie of activering door immunogene of tolerogene liganden. Het ImmGen project heeft tot doel de routekaart van deze transcriptionele toestanden op te stellen.
Genexpressie compendiumEdit
Het eerste doel van ImmGen is het genereren van een compendium van transcriptionele profielen van het gehele genoom (aanvankelijk door microarray, nu meestal door RNA-sequencing) voor bijna alle gekarakteriseerde celpopulaties van het adaptieve en aangeboren immuunsysteem in de muis, in de belangrijkste stadia van differentiatie en activering. Deze inspanning wordt uitgevoerd door een groep samenwerkende immunologische onderzoekslaboratoria in de V.S. Elk van de laboratoria brengt een unieke expertise in een bepaalde cellijn, en alle maken gebruik van gestandaardiseerde procedures voor het sorteren van de cellen. Het compendium van microarray gegevens omvat momenteel meer dan 250 immunologisch relevante celtypes, van alle lymfoïde organen en andere weefsels die worden gecontroleerd door immuuncellen.
PublicatiesEdit
Een reeks van ImmGen rapporten werd gepubliceerd als het compendium geaccumuleerd. Sommige lineage specifieke rapporten beschreven hematopoietische stamcellen, natuurlijke killercellen, neutrofielen, B- en T-cellen, natuurlijke killercellen, macrofagen, dendritische cellen, alfa-bèta T-cellen, gamma-delta T-cellen, geactiveerde CD8 T-cellen, aangeboren lymfoïde cellen, en lymfeklier stromale cellen.Hoewel de meeste van de transcriptionele profilering werd gedaan op B6 muizen, werd het effect van genetische variatie ook bestudeerd.De tweede fase van ImmGen begon met het profileren van geactiveerde immuuncellen. De interferon respons werd gebruikt als een test case.
Bioinformatic gene regulatory network modelEdit
Several groepen van samenwerkende computationele biologen (Regev & Koller) gebruikten de gegevens om het genetische regulerende netwerk in immuuncellen te reverse-engineeren, en te vergelijken met het menselijke immuunsysteem Een eerste onderzoek naar differentiële splicing over immuun lineages werd uitgevoerd met behulp van zowel microarrays en RNA-sequencing.
Visuele weergave van gegevensEdit
Projectdeelnemers van de afdeling computerwetenschappen van Brown University onderzoeken ook nieuwe weergavemodi voor de ImmGen-gegevens, en ontwikkelen en beheren de openbare weergave.
MembersEdit
Deelnemende immunologielaboratoria zijn onder meer Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Geactiveerde CD8 T-cellen, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-cellen, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa-bèta T-cellen, HMS, Boston), Merad en Randolph (monocyten & macrofagen, Mount Sinai, New York en Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston), en Wagers (HSC, Joslin, Boston) laboratoria.
Tragisch genoeg is Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), die sinds de oprichting lid was van ImmGen, in juni 2016 overleden.
Huidige statusEdit
Vanaf augustus 2016 heeft Immgen meer dan 250 naïeve celpopulaties in de muis geprofileerd met behulp van microarrays, en enkele tientallen geactiveerde celtypen met behulp van RNA-sequencing.