Immunofenotypering is een techniek die wordt gebruikt om de eiwitten te bestuderen die door cellen tot expressie worden gebracht. Deze techniek wordt algemeen gebruikt voor fundamenteel wetenschappelijk onderzoek en laboratoriumdiagnostiek. Dit kan worden gedaan op een weefseldoorsnede (vers of gefixeerd weefsel), celsuspensie, enz. Een voorbeeld is de opsporing van tumormarkers, bijvoorbeeld bij de diagnose van leukemie. Hierbij worden witte bloedcellen gelabeld met antilichamen die gericht zijn tegen oppervlakte-eiwitten op hun membraan. Door de juiste antilichamen te kiezen, kan de differentiatie van leukemische cellen nauwkeurig worden bepaald. De gelabelde cellen worden verwerkt in een flowcytometer, een op een laser gebaseerd instrument dat duizenden cellen per seconde kan analyseren. De hele procedure kan in een paar uur worden uitgevoerd op cellen uit het bloed, beenmerg of ruggenmergvloeistof.

Een voorbeeld van informatie die door middel van immunofenotypering wordt verstrekt: “Het flowcytometrische immunofenotyperingsrapport gaf aan dat de kwaadaardige cellen positief waren voor CD19, CD10, dimCD20, CD45, HLA-DR, en λ immunoglobuline lichte keten. Er was geen coexpressie van CD5 of CD23 door de monoklonale B-cel populatie.”

Immunofenotypering is een zeer gebruikelijke flowcytometrietest waarbij fluorofoor-geconjugeerde antilichamen worden gebruikt als probes voor het kleuren van doelcellen met hoge aviditeit en affiniteit. Deze techniek maakt een snelle en gemakkelijke fenotypering mogelijk van elke cellijn in een heterogeen monster op basis van de aan- of afwezigheid van een eiwitcombinatie. Aldus wordt de zichtbaarheid in complexe monsters vergroot.