Joly verliet Vivendi in 2004 om president en chief executive officer van CWT te worden. In januari 2008 werd Joly uitgeroepen tot president en CEO van Carlson Companies, een Amerikaans particulier internationaal conglomeraat in de hotel-, reis- en restaurantfranchise-industrie met meer dan 175.000 werknemers in meer dan 160 landen en gebieden. Hij trad in maart 2008 in functie als vervanger van Marilyn Carlson Nelson, dochter van oprichter Curt Carlson. Onder zijn leiding groeide de jaaromzet van CWT van 8,9 miljard dollar in 2003 tot 25,5 miljard dollar in 2007.
Op 17 augustus 2012 legde Joly zijn functie bij Carlson neer om de functie van CEO bij Best Buy te aanvaarden. Onder Joly en zijn Renew Blue-transformatie bij Best Buy verdrievoudigden de aandelen van het bedrijf in 2013 met de focus op bankieren op big box-winkels, superieure klantenservice, productselectie en diensten zoals de Geek Squad. Volgens The New York Times is Joly’s topdoel het matchen van de laagste prijs, vastbesloten om ervoor te zorgen dat een klant die bij Best Buy als showroom kwam, geen reden heeft om ergens anders te kopen. “De strategie is heel eenvoudig,” vertelde hij de New York Times in 2012, kort nadat hij de baan had aangenomen. “Wij geloven dat prijsconcurrentie inzet is. De manier waarop we willen winnen is rond het advies, gemak, service.”
Op 20 januari 2017 stond in een bericht in de Braziliaanse krant Valor Economico dat Joly in overweging werd genomen voor de CEO-post bij Carrefour. Joly gaf een verklaring uit: “Er zijn berichten verschenen dat ik wordt overwogen voor een CEO-rol bij een ander bedrijf. Laat ik duidelijk zijn, ik ben volledig toegewijd aan de voortdurende transformatie van Best Buy en heb absoluut geen plannen om te vertrekken.”
Joly trad in juni 2019 af als CEO van Best Buy om uitvoerend voorzitter van het bedrijf te worden. In juni 2020 trad Joly terug als uitvoerend voorzitter en begon hij te doceren aan de Harvard Business School als Senior Lecturer of Business Administration. Hij blijft adviseur van de CEO en de Raad van Bestuur van Best Buy.
Joly is de auteur van het binnenkort te verschijnen boek, The Heart of Business, dat op 4 mei 2021 zal worden gepubliceerd door Harvard Business Review Press.