Hemagglutinine, een van een groep natuurlijk voorkomende glycoproteïnen die rode bloedcellen (erytrocyten) doen agglutineren, of samenklonteren. Deze stoffen worden aangetroffen in planten, ongewervelde dieren en bepaalde micro-organismen. Tot de best gekarakteriseerde hemagglutininen behoren die welke voorkomen als oppervlakte-antigenen (vreemde eiwitten die de produktie van antilichamen stimuleren) op virussen van de familie Orthomyxoviridae, die de influenzavirussen bevat, en de familie Paramyxoviridae, die een aantal pathogene virussen bevat, waaronder die welke mazelen veroorzaken.

De aanwezigheid van hemagglutinine op influenzavirussen stelt de virussen in staat zich te binden aan siaalzuur op de oppervlakken van cellen in gastheerdieren. Deze binding vergemakkelijkt de infectie van de gastheer en draagt zo bij tot de virulentie van de virussen. Een soortgelijk mechanisme wordt geacht bij te dragen tot de besmettelijke aard van het mazelenvirus. Virale hemagglutinine stimuleert de productie van antilichamen door het immuunsysteem van de gastheer. Deze antilichamen binden zich aan een deel van het hemagglutinine-antigeen dat epitoop wordt genoemd, waardoor het virus voor vernietiging door het immuunsysteem wordt gemerkt. In het geval van influenzavirussen kunnen mutaties in de genen die coderen voor hemagglutinine, nieuwe epitopen doen ontstaan waardoor de virussen aan de herkenning door antilichamen kunnen ontsnappen. Deze mutaties kunnen het gevolg zijn van antigene drift of antigene verschuiving – processen die aanleiding kunnen geven tot influenzavirussen die epidemieën of pandemieën kunnen veroorzaken. Er zijn 16 vormen van hemagglutinine, aangeduid als H1 tot en met H16, die met influenza type A-virussen worden geassocieerd. Samen met verschillende vormen van een viraal antigeneiwit, neuraminidase genaamd, wordt hemagglutinine gebruikt om onderscheid te maken tussen subtypes van influenza A-virussen (b.v. H1N1, H5N1).

Antistoffen tegen virussen die hemagglutinine-antigenen bezitten, kunnen worden opgespoord met een hemagglutinineremmingstest. Als een persoon of dier dergelijke antilichamen bij zich draagt, zal de agglutinatie van rode bloedcellen worden verhinderd (zie serologische test).