Vroege geschiedenis
Toen de Spanjaarden Honduras kwamen koloniseren, werd het land bewoond door een verscheidenheid van inheemse volkeren, waarvan de Maya’s de meest geavanceerde waren. Goud gestimuleerd Spaanse verovering van het gebied vroeg in de 16e eeuw, en de Hondurese goudmijnstad Gracias werd de hoofdstad van Spaans Midden-Amerika (de Audiencia de los Confines) in 1544. In 1548 echter, hadden de Spanjaarden het goud opgebruikt, en Santiago (Antigua Guatemala) werd de nieuwe hoofdstad van het Koninkrijk Guatemala. Honduras, met als hoofdstad Comayagua en met de landbouw als basis van zijn economie, was een provincie van dat koninkrijk (audiencia) binnen het Viceroyalty van Nieuw-Spanje. In de jaren 1570 bracht een zilvervondst in de hooglanden een stormloop van goudzoekers naar Honduras, wat resulteerde in de opkomst van een belangrijk bevolkingscentrum te Tegucigalpa, dat daarna, vooral in de 18e eeuw, concurreerde met Comayagua. De landbouw, de blijvende economische basis van Centraal-Amerika, kwam in Honduras echter traag tot ontwikkeling. De ontwikkeling van de Spaanse samenleving in Honduras werd belemmerd door aanvallen van piraten en boekaniers in het Caraïbisch gebied en uiteindelijk door een gezamenlijke Britse inspanning om de kustgebieden van Centraal-Amerika te controleren. De Spanjaarden gebruikten lange tijd een zachte verdediging tegen de Caraïbische dreiging en trokken zich terug in de hooglanden en in de kustgebieden van de Stille Oceaan, die over het algemeen dichter bij hun netwerk van communicatie en vervoer lagen. Zo kregen de Britten de controle over het Caribische kustgebied van de Mosquito. De Sambo-Miskito volkeren langs de kust waren de onmisbare bondgenoten van de Britten in dit streven. In de 18e eeuw echter ondernamen de Spaanse Bourbon-koningen een aanhoudende inspanning om de Caraïbische kustgebieden te heroveren, en hun succes in de Golf van Honduras bleek uit de voltooiing van een fort in Omoa aan de Golf in 1779.
Onafhankelijkheid van Spanje kwam er in 1821 en van Mexico in 1823, toen Honduras zich aansloot bij de vorming van de Verenigde Provincies van Centraal-Amerika. Wrijving tussen liberale en conservatieve facties ondermijnde de federatie echter al snel. In het algemeen waren de liberalen voorstander van republicanisme, vrijere handel, minder overheidsregulering, afschaffing van de politieke en economische macht van de katholieke geestelijkheid en navolging van buitenlandse ontwikkelingsmodellen. De conservatieven verdedigden de geestelijkheid, neigden naar monarchisme, wantrouwden buitenlandse modellen, en waren over het algemeen traditioneler en meer pro-Spaans in hun opvattingen. In 1830 werd Francisco Morazán, een Hondurese liberaal, president van deze federatie, en gedurende een decennium bevorderde hij een liberaal beleid dat de traditionele macht en privileges van de geestelijkheid inperkte en de landbouwexport deed toenemen. Het verzet van de conservatieven en de bevolking tegen het liberale beleid leidde tot de ineenstorting van de federatie, en Honduras verklaarde zich op 5 november 1838 volledig onafhankelijk. De pro-kerkelijke conservatieven in Honduras namen de macht over onder Francisco Ferrera, die op 1 januari 1841 de eerste grondwettelijke president werd. In het midden van de 19e eeuw steunde Honduras, ondanks zijn soevereiniteitsverklaring, de pogingen om de Middenamerikaanse unie te herstellen, terwijl zijn echte onafhankelijkheid ernstig werd beperkt door zijn machtigere buren. De conservatieve overheersing duurde tot de jaren 1870, toen de kerk haar vroegere positie herwon en de Hondurese regering een concordaat (1861) met de Heilige Stoel in Rome ondertekende.
Na 1871 beïnvloedde de opkomst van Justo Rufino Barrios in Guatemala een terugkeer naar het liberalisme in Honduras, waar Marco Aurelio Soto, een liberaal, het presidentschap op zich nam (1876). In 1880 vaardigden de liberalen een nieuwe grondwet uit die het werk van de conservatieven ongedaan trachtte te maken, en zij verplaatsten ook de hoofdstad van Comayagua naar Tegucigalpa. Vijf jaar later bleken de liberalen in Honduras en elders eerst nationalisten te zijn en blokkeerden zij een poging van Guatemala om de landengte met geweld te verenigen. De liberalen bleven het land domineren tot ver in de 20e eeuw, en moedigden buitenlandse investeringen en economische groei aan, hoewel Honduras de armste staat op de landengte bleef.