Excavata
Zoals Rhizaria, zijn Excavata (Figuren 5(e)-5(j)) hoofdzakelijk een verzameling protozoa, maar omvatten ook een enkele groep secundaire algen. De meest recente gemeenschappelijke voorouder van de excavaten was een flagellaat (waarschijnlijk een vrijlevende bacterivoor) met een karakteristieke brede voedingsgroef, en verschillende nog levende vrijlevende groepen hebben nog steeds deze basiscelvorm (Simpson, 2003; b.v., Figuur 5(f)). Excavaten worden onderverdeeld in twee belangrijke subgroepen, Metamonada en Discoba (Hampl et al., 2009). Metamonaden stammen af van een gemeenschappelijke voorouder die het vermogen had verloren om aërobe ademhaling uit te voeren, en hebben dientengevolge sterk gemodificeerde mitochondriën van verschillende soorten die mitochondriale genomen missen (Cavalier-Smith, 2003; Stairs et al., 2015). Veel metamonaden zijn vrijlevend en leven in zuurstofarme mariene of zoetwatermilieus (bv. Kolisko et al., 2010; figuur 5(f)), maar verschillende subgroepen zijn gespecialiseerde parasieten of symbionten van dieren geworden. De darmparasiet Giardia en de urogenitale parasiet Trichomonas vaginalis zijn zeer prevalente menselijke ziekteverwekkers (bv, Adam, 2001; Lehker en Alderete, 2000), maar er is ook een spectaculaire diversiteit van symbiotische metamonaden in de achterwand van veel houtetende termieten (Brugerolle en Lee, 2002a,b; figuur 5(e)).
De meeste Discoba hebben aerobe mitochondriën met organellaire genomen, in feite is de kleine flagellatengroep Jakobida (bijv, Reclinomonas en Andalucia) hebben mitochondriale genomen die meer unieke genen behouden, en meer bacterie-achtige kenmerken, dan die van enige andere eukaryoot (Burger et al., 2013; Lang et al., 1997). Tot de Discoba behoren ook de Heterolobosea (Figuur 5(g)), waarvan vele afwisselend een amoebe- en een flagellatenfase hebben (de beruchte ‘hersenetende amoebe’ Naegleria fowleri is een heterolobosea; zie Visvesvara, 2013). De laatste grote Discoba-groep, Euglenozoa, omvat talrijke protozoaire flagellaten die overvloedig aan het oppervlak geassocieerde bacterivoren en predatoren van microbiële eukaryoten zijn (bv. ‘bodonide’ kinetoplastiden, en fagotrofe eugleniden; Boenigk en Arndt, 2002; Larsen en Patterson, 1990; figuur 5(j)). Het omvat ook de parasitaire kinetoplastiden die slaapziekte, de ziekte van Chagas en leishmaniasis bij de mens veroorzaken (allemaal veroorzaakt door verschillende trypanosomatiden; Figuur 5(h)), en verschillende belangrijke ziekten van dieren en enkele planten (Simpson et al., 2006; Vickerman, 2002). Euglenozoa is ook de taxonomische thuisbasis voor de fotosynthetische eugleniden, die secundaire algen zijn met een plastide van groene alg oorsprong (zie boven; Figuur 5(i)).