De Oostzee, een van de grootste brakwatergebieden ter wereld, kan worden gekarakteriseerd als een jonge, koude zee met een verarmd ecosysteem als gevolg van zoutstress. De huidige Oostzee werd pas 2000 tot 2500 jaar geleden gevormd toen de Deense kliffen nauwer en ondieper werden. Door de instroom van zoet water uit de omliggende landgebieden kreeg de Oostzee geleidelijk haar brakke karakter. Tegenwoordig beslaat de Oostzee een gebied van ongeveer 366.000 km2 als een reeks bekkens, gescheiden door ondiepere gebieden en gevuld met ongeveer 22.000 km3 brak water. Deze bekkens zijn, van noord naar zuid, de Botnische Golf, de Finse Golf, de Gotlandzee en de Bornholmzee. De klimaatgradiënt varieert van bijna arctische omstandigheden in het uiterste noorden tot een meer zeeklimaat in de zuidelijke delen. Het zoute water van de Noordzee staat in verbinding met de Oostzee via het ondiepe Kattegat en de drempels in de Deense kliffen. De instroom van zout water gebeurt op twee verschillende manieren, namelijk als een continue stroom langs de bodem als gevolg van de zoutgradiënt en als pulsen van zout water opgewekt door de verdeling van de luchtdruk en de richting van de wind. De zoetwateraanvoer (500 km3) van voornamelijk de grote rivieren is ongeveer gelijk aan de netto-afvoer en belast de zuidelijke stroming langs de Zweedse kust die ook de zoutwaterinvoer compenseert. In de zuidelijke Oostzee zijn getijdenbewegingen waar te nemen, maar deze zijn van ondergeschikt belang voor het systeem. De verblijftijd van de totale watermassa bedraagt 25 jaar en de hydrografische omstandigheden in de verschillende bekkens zijn stabiel en worden gedomineerd door een permanente halocline en een thermocline die zich elk voorjaar ontwikkelt. Het zoutgehalte varieert van ongeveer 1-2 per mille in het binnenste gedeelte van de Botnische Golf tot 10-15 per mille in de Bornholm Zee. Volledige verticale menging vindt plaats gedurende de winter in ten minste de noordelijke delen van de zee. Ten gevolge van de klimaatgradiënt varieert de ijsconditie van ongeveer vier maanden totale ijsbedekking in de binnenste delen van de Botnische Golf tot één maand of minder kustijs in het zuidelijk deel van de Oostzee. Het seizoenseffect is dus meer uitgesproken in de noordelijke delen.

De levende systemen van de Oostzee zijn gereduceerd en aangepast aan deze wisselende omstandigheden. Wanneer men de diepere zachte bodems van de Botnische Golf vergelijkt met de rest van de Oostzee, kan het volgende patroon worden waargenomen. De pelagische primaire produktiviteit neemt van noord naar zuid met een factor 6 toe. De zuidelijke delen van de zee vertonen een uitgesproken voorjaarspiek, terwijl in het noorden de voorjaarsontwikkeling wordt vertraagd of vervangen door een zomermaximum. De totale toename van de macrofaunabiomassa is opvallend, van ongeveer 1 g.m-2 (w.w.) in het noorden tot 100 g.m-2 (w.w.) of meer in het zuiden. De meifauna en de zoöplanktonbiomassa’s vertonen minder variabiliteit. De meiofauna neemt toe met een factor 2-4, waardoor de biomassa in het noordelijkste deel ongeveer tweemaal zo groot wordt als die van de macrofauna. Het extreem lage zoutgehalte van dit gebied zorgt ervoor dat tweekleppigen (filter-feeders) van de fauna zijn uitgesloten. De beschikbare gegevens, gecombineerd met de hoge stofwisselingssnelheid van de meiofauna, volgen ruwweg de veranderingen in de primaire produktiviteit binnen de Oostzee. De veranderende verhouding tussen macro- en meiofauna, alsmede de resultaten van intensieve studies van de macrobenthische amfipode Pontoporeia affinis (Lindström), suggereren dat de macrofauna voornamelijk wordt gereguleerd door voedselbeperking en dat het benthische en pelagische systeem nauw aan elkaar gekoppeld zijn.