Er beginnen vreemde gebeurtenissen plaats te vinden, zoals de verschijning van Spider-Man (Marvel personage) in Gotham City naast de Joker (DC personage).Terwijl ze op het astrale vlak zijn, worden de twee broers, die het Marvel Multiversum en het DC Multiversum belichamen, zich ervan bewust dat ze niet alleen zijn in het universum: De broers ontdekken elkaars bestaan.
Superhelden en schurken, anti-helden, burgers of agenten worden in hun respectieve multiversa getroffen door vreemde gele lichten die hen vervoeren. Terwijl sommigen worstelen en zich afvragen wat er aan de hand is, smelten anderen, zoals Doctor Strange (Marvel) en andere mystici, hun magie samen om het antwoord te vinden. In de Batcave is Bullseye (Marvel) in de war en dreigt Batman (DC) Robin (DC) te vermoorden als hij hem niet vertelt wat er aan de hand is. Robin ontsnapt dan en Batman slaat Bullseye neer, maar een geel licht transporteert Robin naar de X-Mansion, de thuisbasis van de X-Men (Marvel).
Hulk (Marvel) als de Master Hulk (de krachtigste van zijn persoonlijkheden, aangezien hij de fusie is van Bruce Banner’s geest en de Hulk’s lichaamsbouw), is met Betty Ross, wanneer hij plotseling verdwijnt zonder waarschuwing. Bij de Daily Planet heeft Clark Kent (DC) nu twee bazen: Perry White (DC) en Jonah Jameson (Marvel). Hij heeft ook een nieuwe fotograaf sidekick: Peter Parker (die eigenlijk Ben Reilly is die de naam van de echte Spider-Man gebruikt, sinds hij in het DC multiverse zit kent niemand hem meer).
Een personage was op zoek naar het hol van de X-Factor, maar vindt in plaats daarvan een winkel met Looney Tunes-thema. Axel Asher vindt een verdachte dakloze man in een steegje met een gloeiende doos die hij probeert te bedekken met duct tape, en hij legt uit dat het een van de overgebleven stukken is van toen de Big Bang ontstond, die naast het creëren van een zonnestelsel, een verscheidenheid aan universums en parallelle aardes creëerde (zoals Marvel’s Earth 616 en DC’s Earth 0).
Nu de broers van elkaars bestaan weten, zijn ze niet van plan te stoppen. Ze onthullen aan iedereen in beide universa dat ze ooit verenigd waren, maar elkaar bevochten en vernietigd hebben, elkaar afzonderlijk weer opgebouwd hebben, maar geleidelijk hun eigen verschillen gecreëerd hebben en vergeten zijn wanneer ze de ander gekend hebben; maar dat ze allebei genoeg hadden van elkaars bestaan en besloten hebben elkaar te vernietigen. Geadviseerd door de kosmische entiteiten The Spectre (DC) en de Living Tribunal (Marvel) dagen zij elkaar uit voor een meervoudig duel, elk met personages of kampioenen uit hun eigen hoofduniversum (Aarde 616 en Aarde 0). De verliezer zal verdwijnen.
Er zijn elf gevechten tussen de belangrijkste helden:
Thor (Marvel) vs. Shazam (DC)
Ze worden geteleporteerd en krijgen te begrijpen dat ze zouden vechten, maar besluiten eerst te bidden tot hun respectievelijke vader en goden. Terwijl ze vechten, denken Thor en Shazam dat ze de broers kunnen leren met elkaar om te gaan. Als Thor Shazam vast laat zitten in het puin, zegt hij Shazam en verandert in zijn alter-ego, een jongen genaamd Billy Batson. Thor merkt dat Shazam ook de kracht van de donder gebruikt en als hij losbreekt, zegt hij weer Shazam. Thor gebruikt zijn hamer en controleert de bliksem, maar wanneer hij de hamer aanraakt, geeft de bliksem hem een bijwerking en wordt hij geteleporteerd naar New York, waar Wonder Woman de hamer vindt, hem oppakt en de krachten van Thor krijgt, terwijl Thor al gewonnen heeft.
Namor (Marvel) vs. Aquaman (DC)
De waterheren vechten, maar in het water zijn ze zeer aan elkaar gewaagd, dus Namor verslaat Aquaman aan de oppervlakte (omdat Namor kan vliegen), maar Aquaman neemt contact op met een walvis om bij het strand te springen en verplettert Namor, waardoor Aquaman de winnaar is.
Quicksilver (Marvel) vs. Flash (DC)
De twee vechten in supersnelheid en wedden wie de snellere is; een vrachtwagenchauffeur wordt door hen afgeleid en Flash redt hem, samen met het voertuig en andere passagiers, maar Quicksilver verrast Flash met een stoot en laat hem zwak achter. Maar omdat Quicksilver niet op zijn hoede is, verbetert Flash zijn aanval en deelt een klap uit die hem verslaat en hem de winnaar maakt. Bij de Daily Planet heeft Kingpin het gebouw overgenomen, terwijl Lois Lane een liefdesinteresse krijgt in Peter Parker.
Jubilee (Marvel) vs. Robin (DC)
Jubilee, van de X-Men, is voorbestemd om Robin te bestrijden, wat moeilijk is, aangezien ze verliefd op hem is sinds hij in de X-Mansion verscheen. Terwijl Júbilo hun liefdesverhaal in haar dagboek schrijft, vertelt Robin haar dat het tijd is, ze houden elkaars hand vast en teleporteren.
Robin belooft Júbilo geen pijn te doen. Ze gooit stralen van haar kracht naar hem, terwijl Robin haar misleidt door zich te verbergen en zijn cape achter te laten; maar ze denkt dat ze hem ziet en schiet op hem, zonder te winnen, omdat de bekwame jongeman haar immobiliseert met een koperen lasso, en het gevecht wint.
Silver Surfer (Marvel) vs. Green Lantern (DC)
In de diepe ruimte willen noch Green Lantern noch Silver Surfer vechten, maar ze weten dat hun gevecht noodzakelijk is, en onthullen dat voor het gevecht en na de karakterwissel, Surfer en Lantern samenwerkten. Lantern en Surfer staan tegenover elkaar, maar als hun krachten botsen, wint Silver Surfer, hoewel hij veel spijt heeft van de overwinning.
Elektra (Marvel) vs. Catwoman (DC)
Catwoman is in de war, omdat ze niet kan verklaren waarom ze is gekozen als kampioen van haar universum, als ze een anti-heldin is en geen heldin. Catwoman krabt Elektra en verwart haar arm met haar zweep, maar Elektra trekt haar ermee terug en zorgt ervoor dat ze haar niet doodt. Catwoman gooit haar zweep om naar boven te gaan, maar Elektra snijdt hem af en Catwoman valt bewusteloos neer, Elektra is de winnaar.
In Metropolis doet Peter een aanzoek aan Lois voor een afspraakje, maar zij onthult hem dat ze al verloofd is met Clark. Peter, in verlegenheid gebracht, besluit naar de donkere kamer te gaan om foto’s te ontwikkelen. Hij is erg ongerust, want het Marvel Multiversum hangt af van de vraag of Spider-Man wint of verliest, wanneer zijn arcane-sense geactiveerd wordt en hij geteleporteerd wordt. Jonah verschijnt met Clark en Lois en vertelt hen dat de Hulk tegen Metallo vecht.
In het steegje is Asher doodsbang voor dit alles, als de mysterieuze zwerver hem onthult dat dat steegje het enige punt is dat de twee Multiverses in beide realiteiten gemeen hebben en dat Asher en hij een paar fragmenten zijn van Marvel en DC, maar dat Asher in Marvel woont. De Wanderer raakt hem aan en geeft hem de kracht in zich (Marvel rood en DC blauw gekleurd, de kleuren van hun respectievelijke logo’s), want Asher is de volgende opvolger om de broers uit elkaar te houden, Access zijnde. Axel heeft, in tegenstelling tot al zijn voorgangers, de meest cruciale positie.
Wolverine (Marvel) vs Lobo (DC)
Op een verre planeet steekt Lobo een van zijn haken in Wolverine’s hart (tussen zijn adamantium ribben), maar verwacht niet dat Wolverine zal regenereren. Beiden vechten, maar Wolverine verkiest te darmen en Lobo te verpletteren. Maar Wolverine steekt Lobo neer en Lobo kan niet meer vechten, terwijl de ander wint en gaat roken.
Storm (Marvel) vs Wonder Woman (DC)
Aan het begin van het gevecht gooit Wonder Woman (Wonder Woman) de hamer van Thor weg, omdat ze vindt dat het niet eerlijk zou zijn en liever vecht met de attributen die ze in haar Multiversum heeft gekregen. Terwijl ze vechten, schopt Wonder Woman Storm, maar Storm elektrocuteert haar twee keer en wint.
Spider-Man (Marvel) vs. Superboy (DC)
Ben, begint met het afslaan van Superboy’s bril, waardoor zijn woede toeneemt. Dan verstopt Ben zich achter een waterreservoir, maar Superboy gebruikt zijn tastbare telekinese om hem te verplaatsen. Tijdens het gevecht vraagt Ben hem welke bloedverwantschap Superboy heeft met Superman en Superboy vertelt hem dat hij een jongere kloon is, waardoor Ben van streek raakt en begrijpt dat de reden waarom de broers hem hebben laten vechten was dat ze allebei klonen zijn, dus als de echte Peter was gekozen, zou Peter tegenover Superman hebben gestaan. Superboy probeert hem te grijpen, maar Ben reageert met een trap; Superboy is onder water en hoewel Bens arcane-gevoel aanslaat, raakt Superboy hem.
Weak, Ben ziet een schakelaar als Superboy achter hem aan gaat, als Ben met een nieuwe truc komt: hij springt omhoog en vult Superboy’s ogen met netten en Superboy valt in de schakelaar en wordt geëlektrocuteerd, waardoor hij het gevecht verliest, waardoor de stand op 6-3 blijft.
Hulk (Marvel) vs. Superman (DC)
Superman komt met zijn supersnelheid op de Hulk af, die Metallo heeft verslagen. De Hulk realiseert zich dat ze nog niet geteleporteerd zijn en besluit dat ze moeten vechten. In het gevecht krijgen ze elk een klap en worden ze voor het eerst in hun leven hard geraakt. Superman wil eigenlijk niet vechten, maar beseft de benarde situatie van zijn verloofde, slaat hij de Hulk met al zijn kracht, slaat hem bewusteloos en Superman is de winnaar, 6-4.
Captain America (Marvel) vs. Batman (DC)
Beide personages worden geteleporteerd in de riolen en vechten tussen schild en batarangs, maar in de melee, Captain America gooit Batman in een afvoerpijp en het barst, waardoor de plaats overstroomt. Batman doet een zuurstoftank in en omdat Captain America die niet heeft, wordt hij bewusteloos geslagen en Batman redt hem en wint met 6-5. Vijf van de gevechten werden bepaald door publieksstemmen. Marvel kreeg meer stemmen dan DC, dus Marvel won, hoewel het verhaal geen winnaar laat zien.
Ondanks Marvel’s triomf (en ondanks de controversiële overwinningen van Wolverine, Storm en Spider-Man op respectievelijk Lobo, Wonder Woman en Superboy, was geen enkel universum bereid te verdwijnen. Om totale vernietiging te voorkomen, creëerden The Spectre en de Levende Tribunaal een universum genaamd de Amalgam Lijn, los van de anderen, waar alleen Axel Asher (later bekend als Access) en Dr. Strangefate de waarheid kenden. Uiteindelijk herstelde Access de realiteit.
Axel is druk op zoek naar wat hij met zijn krachten moet doen, als de zwerver Batman uit de riolen ziet komen met Captain America die hem succesvol probeert te laten reageren. Asher theoretiseert een plan, maar dat mislukt in de praktijk, want door Batman en Captain te raken en hen in het tegenovergestelde multiversum te plaatsen, lossen de broers het geschil op door het nieuwe Amalgam Universum te scheppen, dat zou worden bezet door de “gecombineerde” versies van diverse helden, b.v. Dark Claw, die de vereniging is van Batman en Wolverine.
Nadat Dr. Strangefate (een samensmelting van Charles Xavier, Doctor Strange en Doctor Fate, die de waarheid van zijn wereld kende) overleeft, keert hij zich tegen Asher omdat hij zijn wereld wil verlaten. Access zoekt naar de sleutels die zijn neergelegd bij Super-Soldaat en Dark Claw als ze door de steeg gaan om het universum te herstellen. Uiteindelijk, door het aanraken van de samengevoegde superhelden, herstelt hij beide universums op hetzelfde moment als Batman en Captain America, waardoor niemand zich het Amalgam Universum herinnert.
In een grot, vecht de Hulk tegen de Mole Men en ze onthullen een desintegrator wapen, maar Superman verschijnt en helpt hem, waardoor hij erin slaagt te winnen. Bij de Daily Planet, dreigt Kingpin nog steeds om het te kopen als Spider-Man en Superboy hem stoppen. In New York zoekt Thanos Darkseid op om het gevecht af te maken als Lobo en Wolverine tegen hem vechten, net als Flash en Quicksilver tegen Venom.
De Spectre en de Levende Tribunaal zijn blij dat de broers gescheiden zijn, als plotseling in beide universums bevingen beginnen. Axel, Batman en Cap proberen de mensen te beschermen, maar Axel redeneert en vertelt hen dat het tevergeefs is, omdat ze uiteindelijk zullen sterven omdat de broers vechten. Wolverine en Lobo’s gevecht neemt toe wanneer ze Quicksilver, Flash, Shazam en Thor ontmoeten; Thanos laat Venom zwak en ze gaan allemaal tegen hem in, maar Thor is verbijsterd door Wonder Woman en haar vermogen om haar hamer op te tillen. Bij de Daily Planet zien Superboy en Spider-Man dat de lucht begint te bloeden en beseffen dat zelfs als ze eruit komen, het het einde van hun werelden is, dus verontschuldigt Jameson zich bij Spider-Man. Alle helden stoppen met hun bezigheden en beseffen dat hun gevechten zinloos zijn en de werelden beginnen af te brokkelen. Terwijl iedereen het als het ergste ziet, ziet Thanos het als prachtig.
Captain America en Batman stellen een plan op om hem te stoppen en Access neemt hen mee uit de kosmos, waar ze Marvel en DC letterlijk met zwaarden zien vechten (wat de bloedende luchten verklaart). Cap en Batman stellen voor om terug te gaan en een leger te brengen, maar Access vertelt hen dat hun werelden stervende zijn en dat het te moeilijk is om nog te teleporteren. Batman en Cap spreken tot hun respectievelijke universums, maar de universums horen hen niet, wanneer DC en Marvel de degens kruisen en hen de tegengestelde karakters geven.
Axel is verbijsterd, maar toen alles verloren leek, ziet Marvel een jongen die in de schaduw leefde en opgroeide, sterker en sterker worden met zijn zwakheden, anderen beschermend. DC ziet hoe een jongen met hoop met succes zijn lichaam doneert aan de wetenschap en vecht voor het grotere goed, en zo een inspirerend icoon wordt voor velen. Plotseling stopt alles, de broers stoppen met vechten, nemen de Captain en Batman in zich op en, voor het eerst, schudden ze elkaar de hand terwijl ze zeggen: “Je hebt het goed gedaan.”
Alles wordt rechtgezet en ze keren terug naar hun werelden. Hoewel velen de waarheid zoeken te kennen, weet alleen Access het. Als de scheuren dichtgaan, zweert Júbilo aan Robin om nooit te vergeten. Wonder Woman en Thor zoeken naar antwoorden, maar noch de Amazones noch Odin weten wat er aan de hand is, terwijl anderen zoals Spider-Man en Superman redeneren en beseffen dat de werelden beter af zijn. Access zweert de voogd tussen de broers en zussen te worden, zodat dit niet weer gebeurt.