Publicaties
In een vroeg werk, een medisch traktaat over de deugden van melk, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), bevatte hij een brief aan een vriend waarin hij de bergen prees als een van de grootste wonderen der natuur. Deze verwijzing en een later verslag van zijn beklimming van de berg Pilatus (1555) vormen een van de eerste verslagen van bergbeklimmen.
In 1545 publiceerde Gesner zijn Bibliotheca universalis, de eerste bibliografie in haar soort, waarin ongeveer 1800 auteurs alfabetisch werden opgesomd met de titels van hun werken, annotaties, evaluaties, en commentaar op de aard en verdienste van elk item. Dit monumentale naslagwerk werd in 1548 gevolgd door het encyclopedische werk Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, waarin Gesner onder 21 rubrieken een overzicht trachtte te geven van de vastgelegde kennis van de wereld. De eerste 19 boeken werden gepubliceerd in 1548; het laatste, gewijd aan theologisch denken, werd gepubliceerd in 1549, terwijl de 20e, over geneeskunde, nooit werd voltooid.
Gesner’s volgende monumentale prestatie was een compendium van vastgelegde kennis over het leven van dieren, de Historiae animalium, waarin hij probeerde waargenomen feiten te onderscheiden van mythen en populaire dwalingen. Het eerste deel (1551), een royaal geïllustreerd werk van 1100 bladzijden, had betrekking op levendbarende viervoeters (viervoetige dieren die levende jongen dragen). Latere delen gewijd aan levendbarende viervoeters (dieren die hun jongen uit eieren laten komen), vogels, en vissen en andere waterdieren volgden in 1554, 1555, en 1556; het gedeeltelijk voltooide vijfde deel, over slangen, werd postuum gepubliceerd in 1587.
Gesner heeft nooit een even uitgebreid overzicht van het plantenleven voltooid, maar zijn aantekeningen en ongeveer 1.500 houtgravures van planten en hun belangrijke bloemen en zaden werden gebruikt door andere auteurs gedurende twee eeuwen na zijn dood. Hoewel hij tijdens zijn leven vooral bekend werd door zijn botanische werken, publiceerde Gesner ook Mithridates: de differentis linguis (1555), een verslag van ongeveer 130 toen bekende talen, en een editie (1556) van de werken van de 3de-eeuwse Romeinse schrijver Claudius Aelian.