City of Boerne v. Flores, zaak waarin het U.S. Supreme Court op 25 juni 1997 (6-3) oordeelde dat de Religious Freedom Restoration Act (RFRA) van 1993 de bevoegdheden van het Congres te buiten ging. Volgens het Hof was de wet weliswaar grondwettelijk voor wat betreft federale acties, maar kon zij niet worden toegepast op de staten.
In Boerne, Texas, was de plaatselijke katholieke kerk, een traditioneel gebouw in adobe-stijl, te klein geworden voor haar congregatie, en in 1993 vroeg Patrick F. Flores, de aartsbisschop van San Antonio, een vergunning aan om de kerk uit te breiden. De gemeenteraad weigerde de vergunning op grond van een verordening die bedoeld was om de historische wijk te beschermen. Flores spande een rechtszaak aan en beweerde dat de weigering van de vergunning in strijd was met de RFRA, die bepaalt dat “de overheid de uitoefening van de godsdienst door een persoon niet wezenlijk mag belemmeren, zelfs indien deze belemmering het gevolg is van een regel van algemene strekking”. De wet was van toepassing op de federale en de staatsoverheden.
De RFRA kwam drie jaar na Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), waarin het Hooggerechtshof oordeelde dat een staat werkloosheidsuitkeringen mocht weigeren aan leden van de Native American Church die uit hun baan waren ontslagen omdat zij peyote voor sacramentele doeleinden hadden ingenomen; het hof verklaarde dat wetten die officieel neutraal zijn met betrekking tot religie door de overheid mogen worden toegepast. In reactie hierop nam het Congres de RFRA aan, waardoor het voor overheden moeilijker werd om religieuze vrijheden terzijde te schuiven. Bij de uitbreiding van de wet tot staatsregeringen beriep het Congres zich op Sectie 5 van het Veertiende Amendement, dat het Congres de bevoegdheid gaf om de bepalingen van dat amendement af te dwingen; het Veertiende Amendement vereist een eerlijk proces voordat iemand van het leven, de vrijheid of eigendom wordt beroofd, en gelijke bescherming door de wet.
In Flores oordeelde een federale districtsrechtbank in het voordeel van Boerne, en oordeelde dat de RFRA ongrondwettelijk was. Het Hof van Beroep van het Fifth Circuit draaide de zaak echter om door de wet grondwettelijk te verklaren.
De zaak werd op 19 februari 1997 voor het Hooggerechtshof bepleit. Het Hof oordeelde dat het Congres geen onbeperkte discretionaire bevoegdheid heeft om wetten uit te vaardigen op grond van Afdeling 5 van het Veertiende Amendement. Het Congres heeft alleen de bevoegdheid om de bepalingen te handhaven, aldus het hof, maar mag het recht dat het handhaaft niet veranderen. In feite heeft het Congres een corrigerende bevoegdheid om misbruik onder het Veertiende Amendement te voorkomen. Om dit punt te illustreren haalde het hof de Voting Rights Act van 1965 aan. Het Hof had die wet in verschillende zaken bekrachtigd door te stellen dat het Congres het recht had om krachtige “corrigerende en preventieve maatregelen” te nemen om “wijdverspreide en aanhoudende rassendiscriminatie” in de Verenigde Staten te corrigeren. In het geval van de RFRA vond het hof echter dat de wetsgeschiedenis van de wet geen “voorbeelden bevatte van algemeen geldende wetten die waren uitgevaardigd vanwege religieuze onverdraagzaamheid in de afgelopen 40 jaar”. Bovendien vond het hof dat de wet “zo buiten proportie was tot een verondersteld corrigerend of preventief doel dat hij niet kan worden begrepen als een reactie op, of ontworpen om, ongrondwettelijk gedrag te voorkomen.”
Daarnaast vond het hof dat de RFRA te breed was en zou leiden tot inmenging op elk niveau van de overheid. Het hof vroeg zich af hoe het zou bepalen of overheidsmaatregelen de godsdienstvrijheid van een persoon wezenlijk belemmerden. Het hof concludeerde dat de RFRA “een aanzienlijke inbreuk door het congres op de traditionele prerogatieven en algemene autoriteit van de staten” was en dus ongrondwettelijk was wanneer toegepast op staten. De beslissing van de Fifth Circuit werd teruggedraaid.