De eerste verkiezingen sinds de noodlottige van 1936 werden gehouden in maart 1946. Deze verkiezingen verliepen gebrekkig en leidden, doordat uiterst links zich van stemming onthield, tot een verpletterende overwinning voor koningsgezind rechts. In september stemde een volksraadpleging voor de terugkeer van Koning George II; hij stierf binnen zes maanden en zijn broer Paul volgde hem op. Tegen deze achtergrond gleed het land af naar een burgeroorlog, omdat uiterst links niet wist of het binnen het politieke systeem zou werken of een gewapende poging zou wagen om de macht te grijpen.

Het keerpunt kwam met de oprichting in oktober 1946 van een door de communisten gecontroleerd Democratisch Leger, en het jaar daarop stelden de communisten een Voorlopige Democratische Regering in. Hoewel ze zwaar in de minderheid waren, waren de communisten in staat – met de logistieke steun van de nieuw opgerichte communistische regimes in het noorden, gekoppeld aan een bekwaam gebruik van guerrillatactieken – een groot gebied van Noord-Griekenland voor een aanzienlijke periode te controleren. Na de afkondiging van de Truman Doctrine in maart 1947, waarin steun werd toegezegd aan “vrije volkeren” in hun strijd tegen interne subversie, begon het tij geleidelijk te keren. De Verenigde Staten, die de vroegere rol van Groot-Brittannië als belangrijkste externe beschermheer van Griekenland overnamen, leverden spoedig militair materieel en advies. De Amerikaanse tussenkomst en de gevolgen van de breuk tussen Josip Broz Tito (onder wiens leiderschap de Joegoslavische staat zich uiteindelijk zou verenigen) en Stalin, gecombineerd met factievorming en veranderde militaire tactieken aan de linkerzijde, droegen allemaal bij tot de nederlaag van de communistische guerrilla’s in de zomer van 1949.

Griekenland kwam uit de moeizame jaren veertig tevoorschijn in een staat van verwoesting. Het politieke regime na de burgeroorlog was uitgesproken autoritair, en vanaf het midden van de jaren vijftig maakte Griekenland een snel, maar ongelijk verdeeld proces van economische en sociale ontwikkeling door, waarbij de levensstandaard de communistische buren in het noorden ver overtrof. De bevolking van groot Athene is tussen 1951 en 1981 meer dan verdubbeld en tegen het begin van de jaren negentig was ongeveer een derde van de totale bevolking geconcentreerd in het gebied rond de hoofdstad. Maar terwijl de verstedelijking snel voortschreed en de levensstandaard snel steeg, slaagden de politieke instellingen van het land er niet in gelijke tred te houden met de snelle veranderingen. Rechts behield het grootste deel van de periode 1952-1963 een stevige greep op de macht en was niet al te voorzichtig met de middelen die het aanwendde om die te behouden.

In het begin van de jaren 1960 waren de kiezers – onder wie nu ook vrouwen – echter steeds meer ontgoocheld over de repressieve erfenis van de burgeroorlog en streefden zij naar verandering. Georgios Papandreou, wiens Centrum Unie Partij een verpletterende overwinning behaalde in 1964, beantwoordde aan deze behoefte als Eerste Minister; maar de belofte van hervorming en modernisering werd terzijde geschoven met een hernieuwde crisis in Cyprus, en groepen binnen het leger spanden samen om de democratische instellingen van het land te ondermijnen. Een guerrillacampagne in Cyprus, die vanaf het midden van de jaren vijftig met hardnekkigheid en meedogenloosheid werd gevoerd door de Grieks-Cypriotische generaal Georgios Grivas, had er in 1960 toe geleid dat de Britten niet de door de overweldigende Grieks-Cypriotische meerderheid op het eiland gewenste vereniging met de Griekse staat, maar wel onafhankelijkheid hadden toegezegd. Binnen drie jaar waren de uitgebreide regelingen voor het delen van de macht tussen de Griekse meerderheid en de Turkse minderheid op het eiland echter ineengestort.

Tijdens en na de burgeroorlog waren de Griekse strijdkrachten zichzelf niet alleen gaan beschouwen als de beschermers van het land tegen buitenlandse agressie, maar ook als de verdedigers van het land tegen interne subversiviteit. Ze beschouwden Georgios Papandreou meer en meer als een stalking horse voor zijn veel radicalere in Amerika opgeleide zoon, Andreas Papandreou, die naar Griekenland was teruggekeerd en zich bij de regering van zijn vader had aangesloten.

In april 1967 pleegden officieren van middelbare rang onder leiding van kolonel Georgios Papadopoulos een staatsgreep om een verwachte overwinning van de Centrumunie in de voor mei van dat jaar geplande verkiezingen te dwarsbomen. De samenzweerders maakten gebruik van een langdurige politieke crisis, die zijn oorsprong had in een geschil tussen de jonge Koning Constantijn II, die in 1964 zijn vader, Koning Paul, op de troon had opgevolgd, en zijn eerste minister, Georgios Papandreou. De “kolonels”, zoals de militaire junta werd genoemd, wisselden een hardhandig en absurd beleid af en regeerden het land van 1967 tot 1974. Na een mislukte tegencoup in december 1967 ging Koning Constantijn in ballingschap, waarbij Papadopoulos de rol van regent op zich nam. In 1973 werd de monarchie afgeschaft en werd Griekenland uitgeroepen tot een republiek. Na studentenprotesten, die met geweld werden onderdrukt, werd Papadopoulos dat jaar zelf vanuit de junta omvergeworpen en vervangen door de nog repressievere generaal Demetrios Ioannidis, het hoofd van de gevreesde militaire politie.

In juli 1974, in de nasleep van een steeds bitterder wordend geschil tussen Griekenland en Turkije over olierechten in de Egeïsche Zee, pleegde Ioannidis, op zoek naar een nationalistische triomf, een staatsgreep om Makarios III, de aartsbisschop en president van Cyprus sinds 1960, af te zetten. Makarios overleefde, maar de staatsgreep leidde tot de invasie van het noordelijke deel van het eiland door Turkije, dat samen met Groot-Brittannië en Griekenland garant stond voor de grondwettelijke regeling van 1960. Het Turkse leger bezette bijna twee vijfde van het landoppervlak van het eiland, ondanks het feit dat de Turkse bevolking minder dan een vijfde van de totale bevolking uitmaakte. Ioannidis reageerde op de Turkse invasie met de mobilisatie voor een oorlog met Turkije. De mobilisatie verliep echter chaotisch en het regime, dat in eigen land zeer impopulair was en in diplomatiek opzicht totaal geïsoleerd, stortte in.