Hemagglutinin, 赤血球を凝集させる、または一緒に塊にする、自然発生する糖タンパク質のグループのいずれかです。 植物、無脊椎動物、ある種の微生物に存在する。 最もよく知られている赤血球凝集素は、インフルエンザウイルスを含むオーソミクソウイルス科や、麻疹を引き起こすウイルスを含むパラミクソウイルス科のウイルスの表面抗原（抗体の産生を刺激する外来タンパク質）として存在するものである

インフルエンザウイルスに赤血球凝集素があると、ウイルスは宿主動物の細胞表面上のシアル酸に結合できる。 この結合により、宿主への感染が促進され、ウイルスの毒性に寄与する。 麻疹ウイルスの感染性についても、同様のメカニズムが考えられている。 ウイルスのヘマグルチニンは、宿主の免疫系による抗体の産生を刺激する。 この抗体は、エピトープと呼ばれるヘマグルチニン抗原の一部と結合し、ウイルスを免疫的に破壊するためのタグとなる。 インフルエンザウイルスの場合、ヘマグルチニンをコードする遺伝子に変異が生じると、新しいエピトープが出現し、ウイルスは抗体の認識から逃れることができる。 このような変異は、抗原ドリフトや抗原シフトと呼ばれ、流行やパンデミックを引き起こすインフルエンザウイルスを生み出す可能性がある。 A型インフルエンザウイルスには、H1〜H16と呼ばれる16種類のヘマグルチニンが存在する。 ノイラミニダーゼと呼ばれるウイルス抗原性タンパク質の様々な形態とともに、ヘマグルチニンはA型インフルエンザウイルスの亜型（例えば、H1N1、H5N1）を区別するために使用されます。

ヘマグルチニン抗原を有するウイルスに対する抗体は、ヘマグルチニン阻害試験で検出することが可能です。 人や動物がそのような抗体を持っていると、赤血球の凝集が阻害されます（血清学的検査の項参照）

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