GAL4 Search Result. GAL4 etc’ QuickSearchタブで検索し、’integrated table’ outputオプションを選択した場合の結果表です。 Cross-referenceは、関連するアレル、コンストラクト、挿入、ストックをグループ化するために使用されます。

QuickSearch には、特定の検索を行うための複数のタブがありますが、ほとんどの人は一般的な ‘Search FlyBase’ タブを使用します。 このエントリ ポイントの重要性を考慮し、FlyBase 2.0 では、新しいサイト アーキテクチャを最大限に活用して、この検索で返される「ヒットリスト」の根本的な変更と改善に多くの労力を注ぎました (図 2)。 ヒットリストの結果ページの UI 改良には、スマートフォンなどの小さな画面で表示するための「レスポンシブ」レイアウト、読み込み時間を短縮するためのページ分割、および埋め込み型の新しい検索フォームが含まれます。 検索語「Mad」を使用して、FlyBase を検索した結果ページ。 遺伝子、ストック、アレル、および他の多くのクラスの FlyBase データ項目（一部表示されていない）を含む「ヒットリスト」が表示されます。 Mad 遺伝子レポートボタンには、現在のリリースでの新しいアノテーションを示す青い旗が表示され、旗の上にマウスを置くと概要が表示されます。 リストは、データクラスと種によるフィルタリング、ページ付け、表示、および分析用の一連のツールで囲まれています。

新しいヒットリストの大きな特徴は、「混合」、つまり、検索用語に一致するすべてのクラスの FlyBase データを含むということです。 一致した各項目はパネルになっており、重要な情報が簡潔に選択されている（図2）。 右端に色分けされたバッジが表示され、データクラスごとに項目をすばやくスキャンできます（図2）。 青い旗は、最新のFlyBaseリリースでアイテムに新しいデータが追加されたことを示します（図2）。 例えば、ある遺伝子のパネルには、関連するアリル、ストック、トランスクリプト、ポリペプチド、リファレンスのボタンがあります（図2）。 たとえば、アレル パネルには、アレル生成に使用された変異原、関連する挿入、およびアレルに添付された表現型ステートメントの数が表示されます。 種によるフィルタリングでは、非メラノガスターまたは非ショウジョウバエの結果と同様に、ハエのヒト導入遺伝子を含めるかどうかを選択できます。 データクラスフィルターは、いくつかのデータクラス、または単一のデータクラスからなるより狭いヒットリストを表示するように設定することができます。 検索結果を 1 つのデータクラスに絞り込むと、シングルクラスのツールや表示オプションが有効になります。 QuickSearch ツールのほとんどのタブは、単一データクラスのヒットリストを直接生成します。

ヒットリストが単一データクラスにフィルタリングされると、[Table] ビューのオプションが利用できるようになります。 テーブル ビューは、そのクラスに適したソート可能な列を持つ、垂直方向にコンパクトな表形式の表示です (図 3)。 ヒットリストが単一のデータクラスで構成されている場合、解析ツールのセットが利用可能になります。 これらのツールは、ヒットリストページの上部に「Convert」、「Export」、「Analyze」というラベルの付いたボタン列として表示されます（図3）。 Convert」ボタンは、データクラス間の広範な相互参照により、例えば、遺伝子のリストを関連する参照のリストに変換したり、対立遺伝子のリストを関連する挿入のリストに変換したりすることが可能です。 Export ボタンを押すと、現在のヒットリストが Batch Download や Feature Mapper などの FlyBase ツールに転送されます。 これは、ヒットリストを FlyBase ID のセットとしてダウンロードする場合にも最適な方法です。 Analyze ボタンは、解剖学用語や表現型クラスの頻度など、ヒットリストを要約した数種類の短いレポートを生成したり、ヒットリストを Interactions Browser ツールに転送したりすることができます。 これらの機能強化により、ヒットリストは、FlyBase 検索結果のレビュー、絞り込み、および解析のための強力なツールになりました。 Allele データクラスにフィルタリングされ、テーブルビューに切り替わった ‘Mad’ 検索結果ページ。 Exportツールメニューが拡張されました。

Table View of Search Result Hitlist. Alleleデータクラスにフィルタリングされ、テーブルビューに切り替わった’Mad’検索結果ページ。 Export ツール メニューが拡張されました。

FlyBase Gene Report. Cdk1遺伝子のFlyBase Gene Report。 General Informationセクションは、遺伝子情報の「スーパーサマリー」として機能している。 右側の’Report Sections’メニューは、ユーザーがレポート内でスクロールする際に浮かび上がり、簡単なナビゲーションツールとなる。 Genomic LocationセクションにはNCBI、Ensembl、UCSC、PopFlyのゲノムブラウザへの外部リンクがある。

ユーザーが関連文献を見つけやすくするためのもうひとつの方法は、「グラフィック アブストラクト」-数年前に Cell Press が初めて導入した論文の結果を要約する画像-の追加です。 FlyBase は Cell Press 社と契約を結び、対応する参考文献のレポートにグラフィカルアブストラクトを表示するようにしました。 これらのグラフィカルアブストラクトのサムネイルは、可能な限り、参考文献のヒットリスト項目のパネルにも表示されます。 グラフィカルアブストラクトをクリックすると、Cell Press 社のアブストラクトと論文にジャンプします。

NEW GENOME BROWSER TRACKS AND MIGRATION FROM GBrowse To JBrowse

FlyBase の GBrowse genome browser は、何年も前から、注釈付き遺伝子モデル、その他ゲノムやエピゲノムの多くのマッピングした特徴を、すべて個別の「トラック」として表示してきました (15)。 FlyBase 独自のトラックとして、異なるプロジェクトの RNA-Seq による発生期間や環境刺激に対するシグナルグラフと D. Bossom に配列したタンパク質ドメインがあります。 melanogaster ゲノム参照株(1)にアラインメントされたタンパク質ドメインが含まれています。 タンパク質ドメイン情報は、以前から実装されていた’Pfam’トラックを補完し、SMARTによって予測されたドメインを示す新しいトラックによって強化されており、ある遺伝子がどのタンパク質ドメインをコードし、それらがエクソン間でどのように分布しているかについての独立した第2のビューを提供する(7,8)。 Gene and Polypeptide Reports には、これらのドメインの図式も含まれています (上記の Report improvements を参照)。

GBrowse は長年にわたって FlyBase ゲノムブラウザのプラットフォームでしたが、 FlyBase 2.0 では、ゲノムトラックを JBrowse (16) という次世代ゲノムブラウザへの移行を開始しました。 JBrowse は、高速化と応答性の向上、設定可能なトラック、同一画面でのトラック選択、クリック＆ドラッグによるナビゲーションなど、ゲノム閲覧の容易さと機能性を向上させる独自の機能を数多く持っています。 FlyBase 2.0 のゲノムブラウザのリンクがあるほとんどのページでは、現在、GBrowse と JBrowse のどちらかを選択することができます。 JBrowse への移行が完了すると、GBrowse は非推奨となりますが、1年間はアクセス可能です。その後、JBrowse が FlyBase でホストされる唯一のゲノムブラウザとなります。 FlyBase上のゲノムブラウザに加え、最近、Gene Reportの’other genome views’ セクション内に、NCBI、Ensembl、UCSC、PopFlyのブラウザへのリンクを追加し、それぞれ異なる注釈や機能性を持たせました（図4）。 例えば、PopFlyブラウザはD. melanogasterの自然集団で同定されたDNA多型を描いている。 FlyBaseは、ゲノムブラウザに含めるべき新しいコミュニティデータセットを継続的に評価しています。 現在の計画には、発生期のプロテオームアノテーションの改善や、Drsosophila RNAi Screening Center (DRSC) (https://fgr.hms.harvard.edu/) によって予測された、CRISPR 工学の効率的な gRNA 標的部位の位置の追加があります (17)。

パワーユーザー向けの新ツール

FlyBase 2.0 では、バックエンド構造を大幅に変更して、「パワーユーザー」向けの新しい能力を実現させました。 クラウドの互換性を改善し、アプリケーション プログラミング インターフェイス (API) を追加し (https://flybase.github.io/)、コードを根本的に再編成して、よりモジュール化された構造を持つようにしたのです。 一般にアクセス可能な Chado データベース (https://flybase.github.io/) や、FTP サイト (ftp://ftp.flybase.org/) を介した XML、FASTA、GFF、GTF、およびその他のバルク データ ファイルのダウンロードを引き続きサポートします。

CONNECTIONS TO THE COMMUNITY

FlyBase はよく活動するユーザー コミュニティから大きな利益を得ています。 2014 年以来、FlyBase Community Advisory Group (FCAG) は、FlyBase の改善に取り組む世界中の 500 人以上の研究者のグループで、研究者が実際に FlyBase をどのように使用しているかについての貴重な情報や、新しい機能についての提案などを定期的に調査し、回答しています。 このフィードバックは、FlyBaseが新しいデータやユーザーのニーズにどのように適応していくかを形成し続けています。 私たちの目標は、すべてのショウジョウバエ研究室からFCAGの代表者を出すことです。新しい代表者は、FlyBaseのコミュニティメニューにあるFlyBase Community Advisory Groupのリンク（http://flybase.org/wiki/FlyBase:Community_Advisory_Group）から登録することができます。 また、ビデオチュートリアルの作成も継続的に行っており、過去2年間で8本のビデオがYouTubeチャンネル（https://www.youtube.com/c/FlyBaseTV）に投稿され、様々な検索テクニックやFlyBase 2.0 ウェブサイトの新機能、JBrowseについて取り上げています。 新しいウェブサイトでは、ホームページの左サイドバーに FlyBase Twitter フィード (https://twitter.com/FlyBaseDotOrg) も表示され、新しいデータや機能、フライコミュニティに関連する話題のニュースについて、ユーザーに注意を促しています。 これらの新しい手法のうち、単一細胞RNAシーケンス（RNA-Seq）は、遺伝子発現に関する大量のきめ細かい時間的・空間的情報を得ることができるものである。 この手法の可能性を最大限に引き出すためには、大量のデータを統合し、有用かつ簡便な対話型フォーマットで表示する新しいアプローチの開発が不可欠となる。 FlyBaseは、発達期のプロテオームデータが入手可能になり次第、グラフィカルな表示とJBrowseによってRNA-Seqデータと統合し、機能ゲノミクスのための強力なツールを作り続けていきます。 将来的には、これらの遺伝子産物間のパスウェイと相互作用のための新しいインタラクティブなディスプレイの開発により、細胞ネットワークを理解するためのシステムアプローチがさらに強化されるでしょう。 また、他の基本的に新しいデータクラスの統合を想定しています。 例えば、ショウジョウバエの代謝経路や、ハエの中に存在する微生物集団であるマイクロバイオームがその例です。 FlyBaseや他のMODの構築が遺伝子中心であったことを考えると、これらのデータを統合することは新たな挑戦であり、第三者の協力やリンクアウトが必要になるでしょう。 もちろん、生物学的情報の増加というこれらすべての課題を満たすには、十分なリソースが利用できるかどうかにかかっている。

FlyBase は、ゲノムリソース連合 (The Alliance; https://alliancegenome.org) の活発なメンバーとしても活動を続ける(14)。 これには、データを均質化し、基礎研究およびトランスレーショナル研究のための新しいディスプレイやツールを開発する努力が含まれる。 これらの努力の一部は、パワーユーザーがNIHデータコモンズに寄託されたビッグデータセットを取得し、作業できるようにする新しいAPIの作成になるであろう。 ビッグデータの奔流と、生物医学研究におけるバイオインフォマティクスの重要性が高まり続ける中、これらは将来の重要な取り組みとなるでしょう。

過去 27 年間にわたり、FlyBase はシンプルなデータベースから強力な知識ベースへと進化してきました。 フライデータのキュレーションと普及という本質的な役割に加え、FlyBase は生物全体の遺伝子機能とヒト疾患との関連性を発見するための新しいツールを開発し続けている (18)。 FlyBase は、生物学的発見やトランスレーショナルリサーチにおけるショウジョウバエの可能性を最大限に発揮できるよう、ハエの研究コミュニティに特有の数多くのデータタイプをサポートするために不可欠な存在であり続けています (19)。 FlyBase 2.0 の知識ベースの構築を継続することで、 Drosophila コミュニティが新しいアイデアを探求し、 生命の新しい側面を模索し、 誰も行ったことのない場所に果敢に挑戦する力をさらに高めることができます。 また、Julie Agapite と Victoria Jenkins には、編集に多大なご協力をいただきました。 執筆時点で、FlyBase Consortiumのメンバーは以下の通りです。 Norbert Perrimon、Susan Russo Gelbart、Julie Agapite、Kris Broll、Lynn Crosby、Gilberto dos Santos、David Emmert、L． Sian Gramates, Kathleen Falls, Victoria Jenkins, Beverley Matthews, Carol Sutherland, Christopher Tabone, Pinglei Zhou, Mark Zytkovicz, Nick Brown, Giulia Antonazzo, Helen Attrill, Phani Garapati, Alex Holmes.らが参加した。 アオイフェ・ラーキン、スティーブン・メリーゴールド、ジリアン・ミルバーン、クレア・ピルグリム、ヴィトル・トロビスコ、ペペ・ウルバノ、トーマス・カウフマン、ブライアン・カルヴィ、ブライオン・ゾック、ジョシュ・グッドマン、ヴィクター・ストレッツ、ジム・サーモン、リチャード・クリップス、フィリップ・ベイカ-。

FUNDING

FlyBase は NIH, NHGRI ; UK Medical Research Council から資金提供を受けています。 オープンアクセスチャージのための資金提供。

Conflict of interest statement. None declared.

,

,

,

,

.

;

:

–

.

,

D.