Excavata

Rhizariaと同様にExcavata（図5（e）〜5（j））は主に原生動物の集まりですが、二次藻類の1グループも含まれています。 エクスカベータの最も新しい共通祖先は、特徴的な広い食溝を持つ鞭毛虫（おそらく自由生活する細菌食動物）であり、現存の様々な自由生活するグループは、今でもこの基本細胞形態を持つ（シンプソン、2003；例えば、図5（f））。 掘立柱類は大きくメタモナーダとディスコバの2つのサブグループに分けられる（Hampl et al.2009）。 メタモナーダは、好気性呼吸を行う能力を失った共通祖先の子孫であり、その結果、ミトコンドリアゲノムを欠く様々な種類の高度に修飾されたミトコンドリアを持つ（Cavalier-Smith, 2003; Stairs et al.） 多くのメタモナドは自由生活で、酸素の乏しい海洋や淡水環境に生息しているが（例えば、Kolisko et al., 2010; 図5（f））、いくつかのサブグループは、動物に専門的に寄生したり共生するようになった。 腸内寄生虫ジアルジアと泌尿生殖器寄生虫トリコモナス膣炎は、ヒトの病原菌として非常に普及している（e.g., Adam, 2001; Lehker and Alderete, 2000）、しかし、多くの木を食べるシロアリの後腸には、共生メタモナドの見事な多様性がある（Brugerolle and Lee, 2002a,b; 図5（e））。

ほとんどのディスコバには器官ゲノムのある好気性ミトコンドリアがあり、実際、小さな鞭毛虫群Jakobida（e.g…, Reclinomonas and Andalucia)は、他のどの真核生物よりもユニークな遺伝子、および細菌に似た特徴を保持するミトコンドリアゲノムを有する（Burger et al.2013; Lang et al.1997). DiscobaにはHeterolobosea（図5（g））も含まれ、その多くはアメーバと鞭毛虫の相を交互に持つ（悪名高い「脳食いアメーバ」Naegleria fowleriはHeteroloboseanである； Visvesvara, 2013を参照のこと）。 最後の主要なDiscobaグループであるEuglenozoaは、微生物真核生物の豊富な表面関連バクテロイバーと捕食者である多数の原生鞭毛虫を含む（例えば、「bodonid」kinetoplastidsとphagotrophic euglenids; Boenigk and Arndt, 2002; Larsen and Patterson, 1990; 図5（j））。 また、ヒトの睡眠病、シャーガス病、リーシュマニア症（すべて異なるトリパノソーマティクスによって引き起こされる；図5（h））を引き起こす寄生性キネトプラストや、動物や少数の植物のいくつかの重要な病気（Simpsonら, 2006; Vickerman, 2002）も含まれる。 また、ユーグレナゾアは、光合成を行うユーグレナイドの分類学上のホームであり、緑藻類由来のプラスティドを持つ二次藻類である（前出；図5（i））

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