免疫性血小板減少症の遺伝的原因は不明である。 この疾患は、体内の免疫システムが誤作動を起こし、体の組織や臓器を攻撃することで起こります（自己免疫）。 通常、免疫系は抗体と呼ばれるタンパク質を産生し、特定の異物や細菌に付着して破壊のための目印とします。 免疫性血小板減少症では、免疫系が血小板を異常に破壊し、正常な血小板よりも少なく作っています。 免疫性血小板減少症の人は、正常な血小板を攻撃する抗体を産生します。 血小板は破壊され、体外に排出されるため、罹患者はこれらの細胞が不足することになります。 これらの抗体の一部は、骨髄で血小板を産生する細胞（巨核球として知られています）にも影響を与え、血小板の産生が減少し、血液中の血小板の数がさらに減少します。

一部の免疫性血小板減少症の患者では、免疫反応の異常が特定のウイルスやバクテリアによる感染と重なることがあります。

一部の免疫性血小板減少症の患者様では、いくつかの遺伝子に変異（多型）が認められ、異常な免疫反応のリスクを高めている可能性があります。 しかし、これらの遺伝子の変化が免疫性血小板減少症の発症に寄与しているかどうかは不明です。

体内の免疫細胞による血小板の標的破壊が原因である場合は、原発性免疫性血小板減少症と呼ばれています。 細菌やウイルス感染後の免疫性血小板減少症は、感染が血小板特異的な免疫反応を引き起こし、通常、他の徴候や症状がないため、一次性免疫性血小板減少症と考えられています。 しかし、免疫血小板減少症は、免疫系が外敵から身体を守る能力が低下した場合に起こる共通可変性免疫不全症や、全身性エリテマトーデスなどの自己免疫疾患など、他の免疫疾患の特徴である場合もあります。 また、免疫性血小板減少症は、慢性リンパ性白血病と呼ばれる造血組織の癌やヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染症など、他の血液疾患でも起こることがあります。 免疫性血小板減少症が他の疾患の特徴である場合、その状態は二次性免疫性血小板減少症として知られています

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