背景編集

免疫系における細胞分化の真の理解には、適応免疫系と自然免疫系の各細胞タイプの転写プロファイル、およびこれらのプロファイルが細胞分化や免疫原性または寛容性リガンドによる活性化を通じてどのように進化するのかを総合的に判断することが必要である。

Gene-expression compendiumEdit

ImmGenプロジェクトの最初の目的は、マウスの適応免疫系および自然免疫系のほぼ全ての細胞集団について、分化および活性化の主要な段階における全ゲノム転写プロファイルの大要を（当初マイクロアレイにより、現在は主にRNA-シーケンスにより）構築することである。 この研究は、米国内の免疫学研究所の協力のもとに行われている。各研究所は、特定の細胞系譜について独自の専門知識を持ち、すべての研究室が標準的な細胞選別手順を採用している。

研究成果編集

研究成果の蓄積に伴い、一連のImmGenレポートが出版された。 造血幹細胞、ナチュラルキラー細胞、好中球、B細胞、T細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージ、樹状細胞、アルファベータT細胞、ガンマデルタT細胞、活性化CD8 T細胞、自然リンパ球、リンパ節ストローマ細胞について、系統別の報告も行われた。 インターフェロン反応をテストケースとした。

バイオインフォーマティック遺伝子制御ネットワークモデル編集

共同研究を行っている計算生物学者のいくつかのグループ（Regev & Koller）は、免疫細胞における遺伝子制御ネットワークをリバースエンジニアリングし、ヒト免疫系と比較するためにデータを使用した。

データの視覚的表現Edit

ブラウン大学コンピューターサイエンス部のプロジェクト参加者も、ImmGenデータの新しい表現方法を模索し、公開表現を開発、キュレーションしている。

MembersEdit

参加した免疫学研究室は、Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Activated CD8 T cells, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T cells, U.S.D.) などであった。 Mass, Worcester）、Lanier（NK, UCSF, San Francisco）、Mathis/Benoist（αβT細胞, HMS, Boston）、Merad and Randolph（単球&マクロファージ, Mount Sinai, New York and Washington University, Saint Louis）, Rossi（HSC、 Children’s, Boston）、Turley（DC、 DFCI, Boston） and Wagers（HSC、 Joslin, Boston） lab.の各氏の研究。

残念なことに、Immgenの発足当初からのメンバーであったRichard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia) が、2016年6月に他界した。

現在の状況編集

2016年8月の時点で、Microarrayを用いてマウスの250以上のナイーブ細胞集団、RNA-sequencingを用いて数十種類の活性化細胞についてプロファイリングを行っている。