世界最大級の汽水域であるバルト海は、塩分ストレスによる貧弱な生態系を含む若く冷たい海として特徴づけられる。 現在のバルト海は、遅くとも2000年から2500年前に、デンマークの音波がより狭く浅くなったときに形成された。 その後、周囲の陸地から淡水が流入し、バルト海は徐々に汽水域に移行していった。 現在、バルト海の面積は約366,000 km2で、浅瀬に分かれた盆地が連なり、約22,000 km3の汽水域に満たされています。 これらの盆地は、北からボスニア湾、フィンランド湾、ゴットランド海、ボーンホルム海である。 気候は、極北のほぼ極寒の地から、南部の海洋性気候まで、さまざまな勾配がある。 北海の塩水は、浅いカテガット海峡とデンマーク海峡のシルを介してバルト海とつながっています。 塩水の流入は、塩分濃度勾配による海底に沿った連続的な流れと、気圧の分布や風向きによって生じる塩水のパルスという2つの異なる方法で起こります。 主に大河川からの淡水流入（500 km3）は、純流出量とほぼ等しく、スウェーデン沿岸の南向きの流れにストレスを与え、塩水流入を補うことにもなっています。 潮汐はバルト海南部で見られるが、このシステムにとって重要性は低い。 全水塊の滞留時間は25年で、異なる流域の水文学的条件は安定しており、永久的なハロクラインと毎年春に発生するサーモクラインによって支配されている。 塩分濃度は、ボスニア湾の最奥部で1〜2ppm、ボーンホルム海で10〜15ppmの範囲である。 少なくとも海の北部では、冬に完全な垂直混合が起こる。 気候勾配のため、氷の状態は、ボスニア湾の内側で4ヶ月間、バルト海の南側で1ヶ月間、またはそれ以下と異なっている。 したがって、季節的な影響は北部でより顕著である。

バルト海の生物システムは、これらの変化する条件に縮小して適応している。 ボスニア湾の深い軟底とバルト海の他の部分を比較すると、次のようなパターンが見られる。 遠洋の基礎生産性は、北から南へ6倍に増加します。 海域の南部では顕著な春のピークを示し、北部では春の発達が遅れるか、夏の最大値に取って代わられる。 マクロファウナバイオマスの増加は顕著で、北部の約1g.m-2 (w.wt) から南部の100g.m-2 (w.wt) 以上まで増加した。 一方、メイオファウナと動物プランクトンのバイオマスはあまり変動がない。 ミオファウナは2-4倍に増加し、最北部ではマクロファウナの約2倍の生物量となる。 この海域の塩分濃度は非常に低いため、二枚貝（フィルターフィーダー）は動物相から除外されている。 利用可能なデータは、メイオファウナの高い代謝率と相まって、バルト海の基礎生産力の変化にほぼ追従している。 マクロファウナとメイオファウナの比率の変化や、大型両生類Pontoporeia affinis (Lindström) の集中研究の結果は、マクロファウナが主に食物制限によって制御されていること、底生系と外洋系が密接に結合していることを示唆している

。