Collezioni su larga scala di cellule staminali pluripotenti indotte (iPSCs) potrebbero servire come potenti sistemi modello per esaminare come la variazione genetica influenza la biologia e la malattia. Qui descriviamo la risorsa iPSCORE: una collezione di linee iPSC sistematicamente derivate e caratterizzate da 222 individui etnicamente diversi che permette sia studi genetici familiari che basati sulle associazioni. Le linee iPSCORE sono pluripotenti con alta integrità genomica (nessun o basso numero di varianti somatiche del numero di copie) come determinato utilizzando l’RNA-sequencing ad alta velocità e gli array di genotipizzazione, rispettivamente. Utilizzando iPSC da una famiglia di individui, dimostriamo che i cardiomiociti derivati da iPSC dimostrano modelli di espressione genica che si raggruppano in base al background genetico e possono essere utilizzati per esaminare le varianti associate a fenotipi fisiologici e di malattia. La collezione iPSCORE contiene individui rappresentativi per gli alleli di rischio e non di rischio per il 95% degli SNPs associati a fenotipi umani attraverso studi di associazione genome-wide. Il nostro studio dimostra l’utilità di iPSCORE per esaminare come le varianti genetiche influenzano i tratti molecolari e fisiologici in iPSC e linee cellulari derivate.