Ad eccezione di alcuni enzimi originariamente studiati come la pepsina, la rennina e la tripsina, la maggior parte dei nomi degli enzimi finisce in “ase”. L’Unione Internazionale di Biochimica (I.U.B.) ha iniziato degli standard di nomenclatura enzimatica che raccomandano che i nomi degli enzimi indichino sia il substrato agito che il tipo di reazione catalizzata. Secondo questo sistema, l’enzima uricasi è chiamato urato: O2 ossidoreduttasi, mentre l’enzima glutammico ossalacetico transaminasi (GOT) è chiamato L-aspartato: 2-ossoglutarato aminotransferasi.

Gli enzimi possono essere classificati in base al tipo di reazione chimica catalizzata.

1. Addizione o rimozione di acqua
   1. Idrolasi – queste includono esterasi, carboidrasi, nucleasi, deaminasi, amidasi e proteasi
   2. Idrasi come fumarasi, enolasi, aconitasi e anidrasi carbonica
2. Trasferimento di elettroni
   1. Ossidasi
   2. Deidrogenasi
3. Trasferimento di un radicale
   1. Transglicosidasi – di monosaccaridi
   2. Transfosforilasi e fosfomutasi – di un gruppo fosfato
   3. Transaminasi – di un gruppo amminico
   4. Transmetilasi – di un gruppo metile
   5. Transacetilasi – di un gruppo acetile
4. Scissione o formazione di un legame C-C
   1. Desmolasi
5. Modifica della geometria o della struttura di una molecola
   1. Isomerasi
6. Collegamento di due molecole tramite idrolisi del legame pirofosfato nell’ATP o altri trifosfati
   1. Ligasi