BackgroundEdit
Una vera comprensione della differenziazione cellulare nel sistema immunitario richiederà una prospettiva generale sul profilo trascrizionale di ogni tipo di cellula del sistema immunitario adattativo e innato, e come questi profili si evolvono attraverso la differenziazione cellulare o l’attivazione da ligandi immunogenici o tollerogenici. Il progetto ImmGen mira a stabilire la tabella di marcia di questi stati trascrizionali.
Gene-expression compendiumEdit
Il primo obiettivo di ImmGen è quello di generare un compendio di profili trascrizionali whole-genome (inizialmente da microarray, ora soprattutto da RNA-sequencing) per quasi tutte le popolazioni di cellule caratterizzate del sistema immunitario adattativo e innato nel mouse, nelle principali fasi di differenziazione e attivazione. Questo sforzo è portato avanti da un gruppo di laboratori di ricerca immunologica che collaborano in tutti gli Stati Uniti. Ognuno dei laboratori porta una competenza unica in un particolare lignaggio cellulare, e tutti stanno impiegando procedure standardizzate per l’ordinamento delle cellule. Il compendio di dati microarray attualmente include oltre 250 tipi di cellule immunologicamente rilevanti, da tutti gli organi linfoidi e altri tessuti che sono controllati da cellule immunitarie.
PubblicazioniModifica
Una serie di rapporti ImmGen è stata pubblicata man mano che il compendio si accumulava. Alcuni rapporti specifici del lignaggio hanno descritto cellule staminali ematopoietiche, cellule natural killer, neutrofili, cellule B e T, cellule natural killer, macrofagi, cellule dendritiche, cellule T alfa beta, cellule T gamma delta, cellule T CD8 attivate, cellule linfoidi innate e cellule stromali del linfonodo. La risposta all’interferone è stata usata come banco di prova.
Modello bioinformatico della rete di regolazione genicaModifica
Diversi gruppi di biologi computazionali che collaborano (Regev & Koller) hanno usato i dati per reingegnerizzare la rete di regolazione genetica nelle cellule immunitarie, e confrontarla con il sistema immunitario umano Un’indagine iniziale dello splicing differenziale attraverso le stirpi immunitarie è stata effettuata usando sia microarray che RNA-sequencing.
Rappresentazione visiva dei datiModifica
I partecipanti al progetto del Dipartimento di Scienze Informatiche della Brown University stanno anche esplorando nuove modalità di rappresentazione dei dati ImmGen, sviluppando e curando la rappresentazione pubblica.
MembersEdit
I laboratori di immunologia partecipanti includono Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (cellule T CD8 attivate, UCSD, San Diego), Kang (cellule T gamma delta, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (cellule T alfa beta, HMS, Boston), Merad e Randolph (monociti & macrofagi, Mount Sinai, New York e Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) e Wagers (HSC, Joslin, Boston) laboratori.
Tragorosamente, Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Filadelfia), che era un membro di ImmGen fin dall’inizio, è scomparso nel giugno 2016.
Stato attualeModifica
A partire da agosto 2016, Immgen ha profilato più di 250 popolazioni di cellule naive nel topo utilizzando microarray, e diverse decine di tipi di cellule attivate utilizzando RNA-sequencing.