Il Mar Baltico, una delle più grandi aree di acqua salmastra del mondo, può essere caratterizzato come un mare giovane e freddo contenente un ecosistema impoverito a causa dello stress da salinità. L’attuale Mar Baltico si è formato tra 2000 e 2500 anni fa, quando i suoni danesi sono diventati più stretti e poco profondi. L’afflusso di acqua dolce dalle aree terrestri circostanti ha fatto sì che il Baltico raggiungesse gradualmente il suo carattere salmastro. Oggi il Baltico copre un’area di circa 366.000 km2 come una serie di bacini separati da aree meno profonde e riempiti con circa 22.000 km3 di acqua salmastra. Questi bacini sono, da nord a sud, il Golfo di Botnia, il Golfo di Finlandia, il Mare di Gotland e il Mare di Bornholm. Il gradiente climatico varia da condizioni quasi artiche nell’estremo nord a un clima più marittimo nelle parti meridionali. L’acqua salata del Mare del Nord è collegata al Baltico attraverso il Kattegat poco profondo e i sedimenti nei suoni danesi. L’afflusso di acqua salata avviene in due modi diversi, cioè come un flusso continuo lungo il fondo dovuto al gradiente di salinità e come impulsi di acqua salata generati dalla distribuzione della pressione dell’aria e dalla direzione del vento. L’ingresso di acqua dolce (500 km3), proveniente principalmente dai grandi fiumi, equivale all’incirca al deflusso netto e sollecita la corrente verso sud lungo la costa svedese che compensa anche l’afflusso di acqua salata. I movimenti di marea possono essere visti nel Baltico meridionale, ma sono di minore importanza per il sistema. Il tempo di residenza della massa d’acqua totale è di 25 anni e le condizioni idrografiche nei diversi bacini sono stabili e dominate da un aloclino permanente e un termoclino che si sviluppa ogni primavera. La salinità varia da circa 1-2 per mille nella parte più interna del Golfo di Botnia a 10-15 per mille nel Mare di Bornholm. Il mescolamento verticale totale ha luogo durante l’inverno almeno nelle parti settentrionali del mare. A causa del gradiente climatico, la condizione del ghiaccio differisce da circa quattro mesi di copertura totale del ghiaccio nelle parti interne del Golfo di Botnia a un mese o meno di ghiaccio costiero nella parte meridionale del Baltico. Così, l’effetto stagionale è più pronunciato nelle parti settentrionali.

I sistemi viventi del Baltico sono ridotti e adattati a queste condizioni variabili. Quando si confrontano i fondi molli più profondi del Golfo di Botnia con il resto del Baltico, si può vedere il seguente modello. La produttività primaria pelagica aumenta di un fattore 6 da nord a sud. Le parti meridionali del mare mostrano un pronunciato picco primaverile, mentre al nord lo sviluppo primaverile è ritardato o sostituito da un massimo estivo. L’aumento totale della biomassa della macrofauna è impressionante, da circa 1 g.m-2 (peso) nel nord a 100 g.m-2 (peso) o più nel sud. Le biomasse della meiofauna e dello zooplancton mostrano meno variabilità. La meiofauna aumenta di un fattore di 2-4, dando una biomassa di circa il doppio di quella della macrofauna nella parte più settentrionale. La salinità estremamente bassa di questa zona causa l’esclusione dei bivalvi (filtratori) dalla fauna. I dati disponibili, uniti all’alto tasso metabolico della meiofauna, seguono approssimativamente i cambiamenti della produttività primaria nel Mar Baltico. Il mutevole rapporto tra macro e meiofauna, così come i risultati di studi intensivi sull’anfipode macrobentonico Pontoporeia affinis (Lindström), suggeriscono che la macrofauna è regolata principalmente dalla limitazione del cibo e che i sistemi bentonico e pelagico sono strettamente accoppiati.