Isabella ei poistunut Portugalista vielä kahdeksaan viikkoon. Hänen isänsä oli valmistellut laivaston ja seurueen, ja 19. lokakuuta 1429 Isabella lähti noin 20 laivan laivueen kanssa – lähes 2000 portugalilaisen saattamana – lopullisesti Portugalista. Saattue saapui Sluysiin 25. joulukuuta 1429 yhdentoista viikon matkan jälkeen, jolloin laivasto joutui myrskyjen kohteeksi ja menetti useita aluksia ja suuren osan morsiusvaatteita. Herttuatar nousi maihin seuraavana päivänä, jossa hän ja Filip viettivät virallista avioliittoa kaksi viikkoa myöhemmin, 7. tammikuuta 1430.
Miehensä kanssa ja Namurin kreivittären Jeanne de Harcourtin seurassa Isabella matkusti tämän jälkeen Burgundin pääalueiden läpi: Gentistä (16. tammikuuta) Kortrijkiin (13. helmikuuta) Lilleen ja sieltä Brysseliin, Arrasiin, Péronne-en-Mélantois’iin, Mecheleniin ja maaliskuun puoliväliin mennessä Noyoniin, jossa Isabella, joka oli nyt raskaana, päätti levätä koko kevään ja lähti vasta, kun Jeanne d’Arc johti sotaretkeä läheistä Compiègneä vastaan. Sen jälkeen hän palasi Gentiin, jossa hän käsitteli mahdollista kiltakapinaa.
Isabella ei aluksi ollut valmistautunut Burgundin hovielämän ylenpalttiseen tyyliin, joka oli yksi Euroopan ylellisimmistä. Portugalilainen infanta, jonka avioliitosta neuvotellut burgundilaislähetystö kuvaili näyttäneen heidän silmissään nunnalta, kun he olivat tavanneet ensimmäisen kerran, ja joka oli nyt pukeutunut löysiin vaatteisiin ja litteisiin päällysvaatteisiin peittääkseen raskautensa, näytti uudessa hovissa erityisen nuhjuiselta. Enemmän Isabellaa oli kuitenkin järkyttänyt hänen miehensä käytös. Mies oli antanut hänelle lahjoja, kun hän oli saapunut maahan, ja vielä enemmän, kun hän oli tullut raskaaksi, mutta teki kuitenkin selväksi, ettei hänellä ollut aikomustakaan pitää uskollisuus- ja siveyslupaustaan. Hän piti rakastajinaan lukuisia naisia, joista useimmat asuivat muualla kuin hovissa, ja hänellä oli jopa 50 aviotonta lasta.
Isabella synnytti ensimmäisen lapsensa 30. joulukuuta 1430 Brysselin Coudenbergissä, vuosi avioliiton jälkeen. Lapsi, syntyessään sairas Antoine, kastettiin 16. tammikuuta 1431, ja pian sen jälkeen molemmat vanhemmat lähtivät hoitamaan herttuan asioita. Saman vuoden syksyyn mennessä Isabella oli jälleen raskaana heidän toiselle pojalleen Joosefille; mikä tärkeämpää, hän oli viettänyt pitkän yhtäjaksoisen ajan miehensä kanssa ja osoittanut älykkyytensä ja kykynsä sekä sitoutumisensa Burgundin itsenäisyyteen. Tämän vuoksi, kun Ranskan Kaarle VII ryhtyi hyökkäämään Burgundiin tammikuussa 1432, Filippus – joka lähti Coudenburgista puolustamaan Dijonia – määräsi Isabellan edustamaan häntä hänen poissa ollessaan. Antoine ja Joseph kuolivat molemmat vuonna 1432, mutta herttuatar synnytti sitten tulevan Kaarle Rohkean 10. marraskuuta 1433.
Isabella oli hienostunut ja älykäs nainen, joka piti taiteilijoiden ja runoilijoiden seurasta. Hän oli antelias taidemesenaatti. Politiikassa hänellä oli suuri vaikutus poikaansa, mutta vielä enemmän aviomieheensä, jota hän edusti useissa diplomaattikonferensseissa ja jonka puolesta hän hallitsi, kun tämä oli poissa. Erityisesti hän neuvotteli monet hovinsa jäsenten avioliitot, muun muassa poikansa Kaarlen avioliiton Ranskan Katariinan kanssa. Hän näki myös erityistä vaivaa Katariinaa hoitaneen Mary of Gueldersin puolesta. Isabella auttoi järjestämään tämän avioliiton Skotlannin Jaakko II:n kanssa, mikä teki hänestä kuningattaren.