Sodan innoittamana
Kahdeksannentoista vuosisadan lopulla Napoleon Bonaparte laajensi pyrkimystään valloittaa maailma. Kun ranskalaiset joukot valtasivat naapurimaita, hallitukselle kävi pian selväksi, että maailmanvalloitus ei olisi sen ulottuvilla ilman kykyä kuljettaa elintarvikkeita pitkiä aikoja ilman pilaantumista. Toimeenpaneva elin, joka tunnettiin nimellä Directory, tarjosi 12 000 frangin palkinnon sille, joka kehittäisi käytännöllisen keinon säilyttää ruokaa armeijan pitkien sotaretkien aikana.
Appert aloitti neljätoista vuotta kestäneen etsintäkierroksen päättäväisesti voittaakseen palkinnon. Kemia oli tuohon aikaan vähän tunnettu tiede, eikä bakteriologiasta ollut juuri mitään tietoa. Appertin kokeet lihan ja vihannesten säilömiseksi talvikäyttöön tehtiin kokeilemalla ja erehtymällä. Hänellä ei ollut juurikaan vertailukohtia, joihin tukeutua, sillä elintarvikkeiden säilyttämisestä steriloimalla oli julkaistu vain yksi teos, jonka oli kirjoittanut Lazzaro Spallanzani (1729-1799). Appert perusti prosessinsa elintarvikkeiden kuumentamiseen yli 100o C:n (212o F) lämpötilaan, joka on veden kiehumislämpötila. Tähän Appert käytti autoklaavia, laitetta, joka käyttää höyryä äärimmäisessä paineessa elintarvikkeiden sterilointiin.
Vuonna 1804 Appert avasi maailman ensimmäisen säilyketehtaan ranskalaisessa Massyn kaupungissa Pariisin eteläpuolella. Vuoteen 1809 mennessä hän oli onnistunut säilömään tiettyjä elintarvikkeita ja esitteli tuloksensa hallitukselle. Ennen palkinnon myöntämistä hallitus edellytti, että Appertin tulokset julkaistaan. Vuonna 1810 hän julkaisi Le Livre de to us les Menages, ou l’Art de Conserver pendant plesieurs annees toutes les Substances Animales et Vegetables. (The Art of Preserving All kinds of Animal and Vegetable Substances for Several Years). Julkaisun yhteydessä Directory myönsi hänelle 12 000 frangin palkinnon. Hänen teoksensa sai kriittistä suosiota ja Societe d’Encouragement pour l’Industrie Nationale -järjestön kultamitalin. (Society for the Encouragement of the National Industry.)
Koko prosessi oli aikaa vievä, sillä sterilointi kesti noin viisi tuntia. Siihen kuului elintarvikkeiden asettaminen lasipulloihin, jotka pysäytettiin löysästi korkilla ja upotettiin kuumaan veteen. Kun pullot oli kuumennettu, ne poistettiin ja suljettiin tiiviisti korkilla ja sinettivahalla, minkä jälkeen ne vahvistettiin langalla. Appert osoitti, että tämä prosessi esti elintarvikkeita pilaantumasta pitkiä aikoja, kunhan sinetit eivät rikkoutuneet. Sitä käytettiin keittojen, lihan, vihannesten, mehujen, erilaisten maitotuotteiden, hillojen, hyytelöiden ja siirappien säilyttämiseen. Vaikka Appert ei koskaan pystynyt selittämään, miksi hänen ruoan säilöntäprosessinsa onnistui, häntä pidetään kuitenkin säilykkeenvalmistuksen isänä. Kesti vielä puoli vuosisataa ennen kuin hänen maanmiehensä Louis Pasteur selitti mikrobien ja elintarvikkeiden pilaantumisen välisen suhteen, mikä vahvisti Appertin perusprosesseja entisestään.
Appert käytti voittonsa rahoittaakseen Massyssa sijaitsevan säilyketehtaansa, joka jatkoi toimintaansa vielä 123 vuotta, vuoteen 1933 asti. Kun säilykkeitä tutkittiin Englannissa, kävi ilmi, että lasipullot muodostivat ongelman rikkoutumisen vuoksi. Vuonna 1810 Peter Durand patentoi metalliastiat. Kaksitoista vuotta myöhemmin Appert siirsi prosessinsa lasipurkkien käytöstä sylinterimäisiin tinattuihin terästölkkeihin. Tämä innovaatio lisäsi sekä englantilaisten että ranskalaisten sotilaiden elintarvikkeiden siirrettävyyttä.
Autoklaavin täydellistämisen lisäksi Appert oli vastuussa lukuisista keksinnöistä, kuten liemikuutiosta. Hän kehitti myös menetelmän gelatiinin uuttamiseksi luista ilman happoa. Huolimatta menestyksestään elintarvikkeiden säilyttämisen alalla ja hallitukselta saamastaan tunnustuksesta Appert kuoli köyhyydessä 3. kesäkuuta 1841 Massyssa, Ranskassa. Hänet haudattiin yhteishautaan.