Keisaripuulintu on IUCN:n ja BirdLife Internationalin virallisella listalla ”erittäin uhanalaisena (mahdollisesti sukupuuttoon kuolleena)”. Se ei ollut historiallisesti harvinainen laji sopivassa elinympäristössä, mutta kokonaispopulaatio ei todennäköisesti koskaan ollut yli 8 000 yksilöä (Lammertink ym. 1996). Jäljellä olevan populaation oletetaan olevan pieni (alle 50 sukukypsää yksilöä), koska vuodesta 1956 lähtien ei ole ollut vahvistettuja havaintoja; jäljelle jääneiden elinympäristöjen analyysit osoittavat, että jäljellä ei ole tarpeeksi suuria alueita, joilla laji voisi elää. Viimeinen vahvistettu havainto on Durangosta vuodelta 1956, ja laji on hyvin todennäköisesti kuollut sukupuuttoon. Jos laji on kuollut sukupuuttoon, se on johtunut elinympäristöjen tuhoutumisesta ja pirstoutumisesta sekä metsästyksestä. Nämä tekijät ovat syynä siihen, että lajia ei ole nähty yli 60 vuoteen, vaikka paikallisia raportteja havainnoista onkin tehty. Tutkijat uskovat, että lajin häviämistä kiihdyttivät myös puunkorjuuintressien aktiiviset hävittämiskampanjat, liiallinen metsästys – kansanlääkinnälliseen käyttöön – ja se, että tarahumara-heimo piti poikasia herkkuna. Sitä on metsästetty urheilun, ruoan ja lääkinnällisten tarkoitusten vuoksi jo pitkään, ja Durangon eteläosassa sijaitsevien Tepheuana- ja Huichol-heimojen on kerrottu käyttäneen höyheniä ja sulkia rituaaleissa. Lisäksi keisarintiirat ovat upeita lintuja, ja kun laji kävi yhä harvinaisemmaksi, monet niistä ampuivat ilmeisesti ihmiset, jotka eivät olleet koskaan kohdanneet tällaista lintua ja halusivat nähdä sen lähemmin.
Edinympäristö, jossa keisarillinen puukiipijä tavattiin, oli pääasiassa havumetsissä (maaston tasot 2700-2 900 metrin korkeudessa). Alueella, jossa ne elivät, oli runsaasti suuria kuolleita puita, mikä saattoi olla yhteydessä niiden sukupuuttoon. Alue oli raivattu ja hakattu useita kertoja vuoteen 2010 mennessä. Luonnonsuojelubiologiassa panostetaan yhä enemmän sukupuuttoriskin analysointiin sekä harvinaisten, pitkään tuntemattomien lajien etsimiseen. Viimeaikaisia, vahvistamattomia havaintoja on kourallinen, ja viimeisin niistä seurasi tiiviisti vuonna 2005 julkaistua väitettyä norsunluunsyöjän uudelleenlöytämistä koskevaa ilmoitusta. Lammertink ym. (1996), jotka ovat tarkastelleet laajasti vuoden 1956 jälkeisiä raportteja, päättelevät, että laji on tosiaankin säilynyt 1990-luvulle asti levinneisyysalueensa keskiosassa, mutta pitävät myös lajin säilymistä hyvin epätodennäköisenä. Heidän mukaansa populaatio oli historiallisena aikana aina rajoitettu, vaikka lajia esiintyikin maksimitiheydellä ennen katastrofaalista vähenemistä 1950-luvulla. Hyvien tietojen puuttuminen tuolta ajalta perustuu ilmeisesti pikemminkin tutkimusten puutteeseen kuin todelliseen harvinaisuuteen, mutta tilanne näyttää muuttuneen radikaalisti vain vuosikymmen myöhemmin.
Tim Gallagherin ja Martjan Lammertinkin kenttätutkimuksissa, joista raportoidaan Gallagherin vuonna 2013 ilmestyneessä kirjassa, löydettiin todisteita – lintujen levinneisyysalueella asuvien iäkkäiden asukkaiden kertomusten muodossa, jotka näkivät keisaripyytäjiä vuosikymmeniä aiemmin ja keskustelivat muistelmistaan tutkijoiden kanssa – siitä, että meksikolaisten puunkorjuuyhtiöiden kanssa työskentelevät metsänhoitajat kertoivat 1950-luvulla paikallisille asukkaille, että keisaripyytäjät tuhoavat arvokasta puutavaraa, ja rohkaisivat ihmisiä tappamaan linnut. Osana tätä kampanjaa metsänhoitajat antoivat paikallisille asukkaille myrkkyä levitettäväksi puihin, joita linnut söivät. Koska keisarintyyppisten tikkojen ryhmillä oli taipumus ruokailla yhdellä suurella, kuolleella, vanhalla männyllä jopa kahden viikon ajan, myrkyn levittäminen tällaiseen puuhun olisi tehokas tapa tuhota jopa tusinan hengen ryhmä näitä valtavia tikkoja – ja ehkä jopa tappaa seuraavat linturyhmät, jotka saattaisivat muuttaa alueelle ja joita sama puu houkuttelisi sinne. Gallagher epäilee, että tällainen myrkytyskampanja saattaa olla avain lajin ilmeiseen katastrofaaliseen populaation romahdukseen 1950-luvulla, jolle ei ole tähän mennessä löytynyt tyydyttävää selitystä. Myrkytyskampanja olisi hyvinkin voinut tappaa kokonaisia linturyhmiä lyhyessä ajassa. Lähtökohta arvokkaan puutavaran suojelemisesta tikoilta oli itse asiassa perusteeton. Keisaripuulinnut eivät etsi ravintoa eläviin, terveisiin puihin eivätkä kaiva niihin pesä- tai makuuaukkoja.”
Gallagherin romaanissa Graalilintu (2006) hän käsittelee sitä, miten vaikeaa keisaripuulinnun etsiminen on sen vaarallisen sijainnin vuoksi. Meksikon Sierra Madre Occidentalissa on suuria marihuanan ja oopiumiunikon viljelyalueita, joita aseistetut vartijat partioivat. Huumekartellit tappavat usein kaikki, jotka tulevat liian lähelle heidän satojaan.
Haku useiden instituutioiden VertNet-nimisestä verkkonäytetietokannasta paljastaa, että keisarillisesta puukiipijästä on olemassa vain 144 fyysistä yksilöä, joista tunnetaan vain kolme täydellistä luurankoa. Myös Tringin luonnonhistoriallisesta museosta löytyvä, huomiotta jäänyt keisaripuunsirrin luuranko näyttää kuuluvan lajiin. Laji tunnetaan myös yhdestä harrastelijakuvasta vuodelta 1956, jossa yksi lintu kiipeilee, etsii ruokaa ja lentää. Cornellin yliopisto on restauroinut ja julkaissut filmin. Gallagherin innoittajaksi keisarihaukan etsimiseen tuli hammaslääkäri William Rhein, joka teki useita matkoja Meksikoon etsiessään keisarihaukkoja, kun hän löysi tämän vuoden 1956 elokuvan. Tämä on ainoa tunnettu valokuvatallenne lajista.