Ensimmäiset vaalit sitten vuoden 1936 kohtalokkaiden vaalien pidettiin maaliskuussa 1946. Ne olivat virheelliset, ja koska äärivasemmisto pidättäytyi äänestämästä, ne johtivat rojalistisen oikeiston ylivoimaiseen voittoon. Syyskuussa kansanäänestyksessä annettiin ääni kuningas Yrjö II:n paluulle; hän kuoli kuuden kuukauden kuluessa ja hänen veljensä Paul tuli hänen seuraajakseen. Tätä taustaa vasten maa luisui kohti sisällissotaa, sillä äärivasemmisto oli epävarma siitä, pitäisikö toimia poliittisen järjestelmän sisällä vai pyrkiä aseellisesti valtaan.

Käännekohta oli kommunistien hallitseman demokraattisen armeijan perustaminen lokakuussa 1946, ja seuraavana vuonna kommunistit perustivat väliaikaisen demokraattisen hallituksen. Vaikka kommunistit olivat vahvasti alakynnessä, he pystyivät – pohjoiseen hiljattain perustettujen kommunistihallitusten logistisen tuen ja sissitaktiikan taitavan käytön avulla – hallitsemaan laajaa aluetta Pohjois-Kreikassa huomattavan pitkään. Kun maaliskuussa 1947 julistettiin Trumanin doktriini, jossa luvattiin tukea ”vapaita kansoja” niiden taistelussa sisäistä kumouksellisuutta vastaan, tilanne alkoi vähitellen kääntyä. Yhdysvallat, joka astui Ison-Britannian tilalle Kreikan tärkeimpänä ulkoisena suojelijana, toimitti pian sotilastarvikkeita ja neuvoja. Yhdysvaltain väliintulo ja Josip Broz Titon (jonka johdolla Jugoslavian valtio lopulta yhdistyi) ja Stalinin välisen eron seuraukset yhdistettynä vasemmiston ryhmittymiin ja muuttuneeseen sotilaalliseen taktiikkaan vaikuttivat osaltaan siihen, että kommunistiset sissit kukistettiin kesällä 1949.

Kreikka selviytyi 1940-luvun vaivalloisesta taitteesta tuhoutuneena. Sisällissodan jälkeinen poliittinen hallinto oli selvästi autoritaarinen, ja 1950-luvun puolivälistä lähtien Kreikassa alkoi nopea mutta epätasaisesti jakautunut taloudellinen ja sosiaalinen kehitysprosessi, jossa elintaso ylitti reilusti pohjoiset kommunistiset naapurinsa. Suur-Ateenan väestömäärä yli kaksinkertaistui vuosina 1951-1981, ja 1990-luvun alkuun mennessä noin kolmannes koko väestöstä oli keskittynyt pääkaupungin alueelle. Vaikka kaupungistuminen eteni nopeasti ja elintaso nousi nopeasti, maan poliittiset instituutiot eivät kuitenkaan pysyneet nopean muutoksen tahdissa. Oikeisto piti valtaa tiukasti hallussaan suurimman osan ajanjaksosta 1952-1963 eikä ollut liian varovainen keinoissa, joita se käytti säilyttääkseen vallan.

1960-luvun alkuun mennessä äänestäjät – joihin nyt kuului myös naisia – olivat kuitenkin pettyneet yhä enemmän sisällissodan sortoperintöön ja etsivät muutosta. Georgios Papandreou, jonka Keskustayhdistyspuolue saavutti ylivoimaisen voiton vuonna 1964, vastasi tähän tarpeeseen pääministerinä; lupaus uudistuksista ja nykyaikaistamisesta kuitenkin hylättiin, kun Kyproksen kriisi uusiutui, ja armeijan sisäiset ryhmät vehkeilivät maan demokraattisten instituutioiden kumoamiseksi. Kyproksen sissikampanja, jota kyproksenkreikkalainen kenraali Georgios Grivas taisteli sinnikkäästi ja häikäilemättömästi 1950-luvun puolivälistä lähtien, oli johtanut vuonna 1960 siihen, että britit eivät myöntäneet saaren ylivoimaisen kyproksenkreikkalaisen enemmistön toivomaa liittoa Kreikan valtion kanssa vaan pikemminkin itsenäisyyden. Kolmen vuoden kuluessa saaren kreikkalaisen enemmistön ja turkkilaisen vähemmistön väliset monimutkaiset vallanjakojärjestelyt olivat kuitenkin romahtaneet.

Kansalaissodan aikana ja sen jälkeen Kreikan asevoimat olivat alkaneet pitää itseään paitsi maan vartijoina ulkomaisia hyökkäyksiä vastaan myös sen puolustajina sisäistä kumouksellisuutta vastaan. He pitivät Georgios Papandreouta yhä enenevässä määrin hänen paljon radikaalimman amerikkalaisen koulutuksen saaneen poikansa Andreas Papandreoun väijyjänä, joka oli palannut Kreikkaan ja liittynyt isänsä hallitukseen.

Huhtikuussa 1967 eversti Georgios Papadopoulosin johtamat keskitason upseerit käynnistivät vallankaappauksen, jonka tarkoituksena oli tehdä tyhjäksi odotettu Keskusliiton voitto toukokuuksi suunnitelluissa vaaleissa samana vuonna. Salaliittolaiset käyttivät hyväkseen pitkittynyttä poliittista kriisiä, joka sai alkunsa vuonna 1964 isänsä, kuningas Paavalin, seuraajaksi kruunulle nousseen nuoren kuningas Konstantin II:n ja hänen pääministerinsä Georgios Papandreoun välisestä kiistasta. ”Everstit”, kuten sotilasjuntta alettiin kutsua, hallitsivat maata väärin vuosina 1967-1974, vaihdellen välillä kovakouraista ja välillä järjetöntä politiikkaa. Joulukuussa 1967 tapahtuneen epäonnistuneen vallankaappauksen jälkeen kuningas Konstantin lähti maanpakoon, ja Papadopoulos ryhtyi regentiksi. Vuonna 1973 monarkia lakkautettiin, ja Kreikka julistautui tasavallaksi. Samana vuonna väkivaltaisesti tukahdutettujen opiskelijamielenosoitusten jälkeen Papadopoulos syrjäytettiin juntan sisältä, ja hänen tilalleen valittiin entistäkin sortavampi kenraali Demetrios Ioannidis, paljon pelätyn sotilaspoliisin johtaja.

Heinäkuussa 1974, kun Kreikan ja Turkin välinen kiista Egeanmeren öljyoikeuksista kävi yhä katkerammaksi, kansallismielistä voittoa tavoitteleva Ioannidis käynnisti vallankaappauksen syrjäyttääkseen Makarios III:n, arkkipiispan ja Kyproksen presidentin vuodesta 1960. Makarios selvisi hengissä, mutta vallankaappaus käynnisti Turkin hyökkäyksen saaren pohjoisosaan. Turkki oli yhdessä Ison-Britannian ja Kreikan kanssa vuoden 1960 perustuslaillisen sopimuksen takaaja. Turkin armeija miehitti lähes kaksi viidesosaa saaren maa-alueesta, vaikka turkkilaisväestön osuus koko väestöstä oli alle viidennes. Ioannidis vastasi turkkilaishyökkäykseen mobilisoimalla sotaan Turkkia vastaan. Mobilisaatio osoittautui kuitenkin kaoottiseksi, ja sisäpoliittisesti katkerasti epäsuosittu ja diplomaattisesti täysin eristetty hallinto romahti.