Osaamatta joitakin alun perin tutkittuja entsyymejä, kuten pepsiiniä, renniiniä ja trypsiiniä, useimmat entsyymien nimet päättyvät ”ase”. Kansainvälinen biokemian liitto (International Union of Biochemistry, I.U.B.) on laatinut entsyyminimikkeistöä koskevat standardit, joissa suositellaan, että entsyymien nimissä ilmoitetaan sekä substraatti, johon entsyymi vaikuttaa, että katalysoitavan reaktion tyyppi. Tämän järjestelmän mukaan urikaasientsyymin nimi on uraatti: O2-oksidoreduktaasiksi, kun taas entsyymiä glutamiinioksaleetikkatransaminaasi (GOT) kutsutaan L-aspartaatti: 2-oksoglutaraattiaminotransferaasiksi.

Ensiymit voidaan luokitella sen mukaan, millaista kemiallista reaktiota ne katalysoivat.

1. Veden lisääminen tai poistaminen
   1. Hydrolaasit – näihin kuuluvat esteraasit, hiilihydraasit, nukleaasit, deaminaasit, amidaasit ja proteaasit
   2. Hydraasit kuten fumaraasi, enolaasi, aconitase ja hiilihappoanhydraasi
2. Elektronien siirto
   1. Oksidaasit
   2. Dehydrogenaasit
3. Radikaalin siirto
   1. Transglykosidaaseja – monosakkaridien
   2. Transfosforylaasit ja fosfomutaasit – fosfaattiryhmän
   3. Transaminaasit – aminoryhmän
   4. Transmetylaasien – metyyliryhmän
   5. Transasetylaasit – asetyyliryhmän
4. Transasetylaasit – asetyyliryhmän