Immunosytokemia eroaa immunohistokemiasta siinä, että ensin mainittu tehdään näytteistä, jotka koostuvat ehjistä soluista, joita ympäröivä solunulkoinen matriisi on poistettu suurimmalta osin tai jopa kokonaan. Näihin kuuluvat yksittäiset solut, jotka on eristetty kiinteästä kudoslohkosta, soluviljelmässä kasvatetut solut, suspensiosta kerätyt solut tai preparaatista otetut solut. Sitä vastoin immunohistokemialliset näytteet ovat biologisen kudoksen leikkeitä, joissa kutakin solua ympäröi kudosarkkitehtuuri ja muut solut, jotka normaalisti esiintyvät ehjässä kudoksessa.Immunosytokemia on tekniikka, jota käytetään tietyn proteiinin tai antigeenin esiintymisen arvioimiseen soluissa (viljellyissä soluissa, solususpensioissa) käyttämällä spesifistä vasta-ainetta, joka sitoutuu kyseiseen proteiiniin tai antigeeniin, ja joka näin ollen sallii sen näkyväksi tekemisen ja tutkimisen mikroskoopin alla. Se on arvokas väline solujen sisällön määrittämiseksi yksittäisistä soluista. Näytteitä, joita voidaan analysoida, ovat mm. verinäytteet, aspiraatit, pyyhkäisynäytteet, viljellyt solut ja solususpensiot.
Solunäytteitä voidaan valmistella immunosytokemialliseen analyysiin monin eri tavoin. Jokaisella menetelmällä on omat vahvuutensa ja ainutlaatuiset ominaisuutensa, joten halutulle näytteelle ja tulokselle voidaan valita oikea menetelmä.
Värjättävät solut voidaan kiinnittää kiinteään alustaan, jotta niitä on helppo käsitellä myöhemmissä toimenpiteissä. Tämä voidaan saavuttaa useilla menetelmillä: kiinnittyneitä soluja voidaan kasvattaa mikroskooppilasien, peitinlasien tai optisesti sopivan muovisen alustan päällä. Suspension solut voidaan sentrifugoida lasilevyille (sytospiini), sitoa kiinteään alustaan kemiallisilla linkkereillä tai joissakin tapauksissa käsitellä suspensiossa.
Konsentroidut solususpensiot, jotka ovat matalaviskoosisessa väliaineessa, ovat hyviä ehdokkaita preparaattien preparointiin. Laimeassa väliaineessa olevat laimeat solususpensiot soveltuvat parhaiten sytospiinien valmistukseen sytosentrifugoimalla. Solususpensiot, jotka ovat korkeaviskoosisessa väliaineessa, soveltuvat parhaiten testattaviksi pyyhkäisyvalmisteina. Näille valmisteille on ominaista, että koko solu on objektilasin pinnalla. Jotta solujen välinen reaktio voisi tapahtua, immunoglobuliinin on ensin läpäistävä solukalvo, joka on ehjä näissä valmisteissa. Ytimessä tapahtuvat reaktiot voivat olla vaikeampia, ja solunulkoiset nesteet voivat aiheuttaa ainutlaatuisia esteitä immunosytokemian suorittamiselle. Tässä tilanteessa solujen permeabilointi detergentillä (Triton X-100 tai Tween-20) tai orgaanisten fiksatiivien (asetoni, metanoli tai etanoli) valitseminen tulee välttämättömäksi.
Vasta-aineet ovat tärkeä väline, jolla voidaan osoittaa sekä antigeenin läsnäolo että subcellulaarinen lokalisaatio. Soluvärjäys on hyvin monipuolinen tekniikka, ja jos antigeeni on hyvin lokalisoitunut, sillä voidaan havaita jopa tuhat antigeenimolekyyliä solussa. Joissakin olosuhteissa soluvärjäystä voidaan käyttää myös antigeenin likimääräisen pitoisuuden määrittämiseen, erityisesti kuva-analysaattorilla.