BackgroundEdit
Immuunijärjestelmän solujen erilaistumisen todellinen ymmärtäminen edellyttää yleistä näkemystä adaptiivisen ja synnynnäisen immuunijärjestelmän kunkin solutyypin transkriptioprofiilista ja siitä, miten nämä profiilit kehittyvät solujen erilaistumisen tai immunogeenisten tai tolerogeenisten ligandien aiheuttaman aktivaation myötä. ImmGen-hankkeen tavoitteena on laatia näiden transkriptiotilojen tiekartta.
Geeniekspressiokokoelma Muokkaa
ImmGen-hankkeen ensimmäisenä tavoitteena on luoda koko genomin transkriptioprofiilien kokoelma (aluksi mikrosirujen avulla, nykyisin enimmäkseen RNA-sekvensoinnin avulla) lähes kaikista hiiren adaptiivisen ja synnynnäisen immuunijärjestelmän luonnehdituista solupopulaatioista tärkeimmissä erilaistumis- ja aktivaatiovaiheissa. Kukin laboratorio tuo mukanaan ainutlaatuista asiantuntemusta tietystä solulinjasta, ja kaikki käyttävät standardoituja solujen lajittelumenetelmiä. Mikrosirutietokokoelma sisältää tällä hetkellä yli 250 immunologisesti merkityksellistä solutyyppiä kaikista imukudoselimistä ja muista kudoksista, joita immuunisolut valvovat.
JulkaisutEdit
Kokoelman karttuessa julkaistiin sarja ImmGen-raportteja. Joissakin linjakohtaisissa raporteissa kuvattiin hematopoieettisia kantasoluja, luonnollisia tappajasoluja, neutrofiilejä, B- ja T-soluja, luonnollisia tappajasoluja, makrofageja, dendriittisoluja, alfa-beta-T-soluja, gamma-delta-T-soluja, aktivoituja CD8-T-soluja, synnynnäisiä lymfaattisia soluja ja imusolmukkeen stroomaattisia soluja. vaikka suurin osa transkriptioprofiloinnista tehtiin B6-hiirillä, tutkittiin myös geneettisen variaation vaikutusta. immGen-ohjelman toisessa vaiheessa aloitettiin aktivoitujen immuunijärjestelmäsolujen profiloinnin. Testitapauksena käytettiin interferonivastetta.
Bioinformatiivinen geenisäätelyverkkomalliEdit
Monien yhteistyöhön osallistuneiden tietokonebiologien (Regev & Koller) ryhmät käyttivät tietoja immuunisolujen geneettisen säätelyverkon käänteismallinnukseen ja vertasivat sitä ihmisen immuunijärjestelmään Alustava selvitys eriytyneestä pilkkomisesta eri immuunilinjoissa tehtiin sekä mikrosirujen että RNA-sequensoinnin avulla.
Datan visuaalinen esittäminenEdit
Projektin osallistujat Brownin yliopiston tietojenkäsittelytieteiden laitokselta tutkivat myös ImmGen-datan uusia esitystapoja, kehittävät ja kuratoivat julkista esitystä.
JäsenetEdit
Osallistuviin immunologian laboratorioihin kuuluvat Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Aktivoidut CD8 T-solut, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-solut, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa-beta-T-solut, HMS, Boston), Merad ja Randolph (monosyytit & makrofagit, Mount Sinai, New York ja Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) ja Wagers (HSC, Joslin, Boston).
Traagisesti Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), joka oli ImmGenin jäsen sen perustamisesta lähtien, menehtyi kesäkuussa 2016.
NykytilanneEdit
Elokuussa 2016 Immgen on profiloinut yli 250 hiiren naiivia solupopulaatiota mikrosirujen avulla ja useita kymmeniä aktivoituneita solutyyppejä RNA-sequensoinnin avulla.