Joly jätti Vivendin vuonna 2004 ja siirtyi CWT:n toimitusjohtajaksi. Tammikuussa 2008 Joly nimitettiin Carlson Companiesin toimitusjohtajaksi, amerikkalaisen yksityisomistuksessa olevan kansainvälisen hotelli-, matkailu- ja ravintola-alan franchising-alan monialayrityksen, joka työllistää yli 175 000 henkilöä yli 160 maassa ja alueella. Hän astui tehtäviin maaliskuussa 2008 perustaja Curt Carlsonin tyttären Marilyn Carlson Nelsonin tilalle. Hänen johdollaan CWT kasvatti vuosimyyntiään 8,9 miljardista Yhdysvaltain dollarista vuonna 2003 25,5 miljardiin dollariin vuonna 2007.
17. elokuuta 2012 Joly erosi Carlsonin palveluksesta siirtyäkseen Best Buyn toimitusjohtajaksi. Jolyn ja hänen Renew Blue -muutoksensa aikana Best Buyissa yhtiön osake kolminkertaistui vuonna 2013, kun yhtiö keskittyi panostamaan suuriin laatikkomyymälöihin, ylivoimaiseen asiakaspalveluun, tuotevalikoimaan ja Geek Squadin kaltaisiin palveluihin. The New York Timesin mukaan Jolyn ykköstavoitteena on alhaisimman hinnan vastaavuus, ja hän pyrkii määrätietoisesti varmistamaan, että Best Buyyn esittelytilana tulleella asiakkaalla ei ole syytä ostaa muualta. ”Strategia on hyvin yksinkertainen”, hän kertoi New York Timesille vuonna 2012, pian työn vastaanottamisen jälkeen. ”Uskomme, että hintakilpailukyky on pelissä. Haluamme voittaa neuvonnan, mukavuuden ja palvelun avulla.”
Tammikuun 20. päivänä 2017 brasilialaisen Valor Economico -sanomalehden raportissa kerrottiin, että Jolyta harkitaan Carrefourin toimitusjohtajaksi. Joly antoi asiasta lausunnon: ”On ollut raportteja, joiden mukaan minua harkitaan toimitusjohtajaksi toiseen yhtiöön. Haluan tehdä selväksi, että olen täysin sitoutunut Best Buyn jatkuvaan muutokseen eikä minulla ole minkäänlaisia suunnitelmia lähteä.”
Joly luopui Best Buyn toimitusjohtajan tehtävästä kesäkuussa 2019 ja siirtyi yhtiön toimitusjohtajaksi. Kesäkuussa 2020 Joly luopui toimitusjohtajan tehtävästä ja aloitti opettamisen Harvard Business Schoolissa liiketalouden johtavana lehtorina. Hän toimii edelleen Best Buy:n toimitusjohtajan ja hallituksen neuvonantajana.
Joly on Harvard Business Review Pressin 4.5.2021 julkaiseman tulevan kirjan The Heart of Business (Liiketoiminnan sydän) kirjoittaja.