Varhaishistoria
Kun espanjalaiset saapuivat asuttamaan Hondurasia, maassa asui erilaisia alkuperäiskansoja, joista kehittyneimmät olivat mayat. Kulta vauhditti espanjalaisten aluevaltausta 1500-luvun alkupuolella, ja Hondurasin kultakaivoskaupunki Graciasta tuli Espanjan Keski-Amerikan pääkaupunki (Audiencia de los Confines) vuonna 1544. Vuoteen 1548 mennessä espanjalaiset olivat kuitenkin käyttäneet kullan loppuun, ja Santiagosta (Antigua Guatemala) tuli Guatemalan kuningaskunnan uusi pääkaupunki. Honduras, jonka pääkaupunki oli Comayagua ja jonka talous perustui maatalouteen, oli Uuden Espanjan varakuningaskuntaan kuuluva kyseisen kuningaskunnan (audiencia) maakunta. Vuosisadan 1570-luvulla ylängöllä tapahtunut hopealöytö toi Hondurasiin malminetsijöiden ryntäyksen, jonka seurauksena Tegucigalpaan syntyi tärkeä asutuskeskus, joka kilpaili sittemmin, erityisesti 1700-luvulla, Comayaguan kanssa. Maatalous, Keski-Amerikan kestävä taloudellinen perusta, kehittyi Hondurasissa kuitenkin hitaasti. Espanjalaisen yhteiskunnan kehitystä Hondurasin alueella haittasivat Karibianmerelle tyypillisten merirosvojen ja merirosvojen rannikkohyökkäykset ja lopulta Britannian yhteiset pyrkimykset valvoa Keski-Amerikan rannikkoalueita. Espanjalaiset käyttivät pitkään pehmeää puolustusta Karibian uhkaa vastaan ja vetäytyivät vuoristoalueille ja Tyynenmeren rannikkoalueille, jotka olivat yleensä lähempänä heidän viestintä- ja kuljetusverkostoaan. Näin britit pääsivät hallitsemaan Karibian Mosquiton rannikkoaluetta. Rannikon varrella asuvat sambo-miskitokansat olivat brittien korvaamattomia liittolaisia tässä pyrkimyksessä. 1700-luvulla Espanjan Bourbonien kuninkaat pyrkivät kuitenkin määrätietoisesti saamaan Karibian rannikkoalueet takaisin, ja heidän menestyksensä Hondurasinlahdella näkyi siinä, että Omoan linnoitus valmistui lahden rannalle vuoteen 1779 mennessä.
Eriippumattomuus Espanjasta saavutettiin vuonna 1821 ja Meksikosta vuonna 1823, kun Honduras liittyi Keski-Amerikan yhdistyneiden provinssien muodostamiseen. Liberaalisten ja konservatiivisten ryhmittymien väliset kitkat horjuttivat kuitenkin pian liittovaltiota. Yleisesti ottaen liberaalit kannattivat tasavaltalaisuutta, vapaampaa kauppaa, valtion sääntelyn vähentämistä, katolisen papiston poliittisen ja taloudellisen vallan poistamista ja ulkomaisten kehitysmallien jäljittelyä. Konservatiivit puolustivat papistoa, kallistuivat monarkismiin, suhtautuivat epäluuloisesti ulkomaisiin malleihin ja olivat yleisesti ottaen perinteisempiä ja espanjalaismielisempiä. Vuonna 1830 hondurasilaisesta liberaalista Francisco Morazánista tuli tämän liittovaltion presidentti, ja vuosikymmenen ajan hän edisti liberaalien politiikkaa, jolla vähennettiin papiston perinteistä valtaa ja etuoikeuksia ja lisättiin maataloustuotteiden vientiä. Konservatiivien ja kansan vastustus liberaalien politiikkaa kohtaan johti liittovaltion hajoamiseen, ja Honduras julistautui täysin itsenäiseksi 5. marraskuuta 1838. Hondurasin kirkkoa kannattavat konservatiivit ottivat vallan Francisco Ferreran johdolla, josta tuli ensimmäinen perustuslaillinen presidentti 1. tammikuuta 1841. Itsenäisyysjulistuksestaan huolimatta Honduras tuki 1800-luvun puolivälissä pyrkimyksiä palauttaa Keski-Amerikan liitto, mutta sen todellista itsenäisyyttä rajoittivat ankarasti sen voimakkaammat naapurit. Konservatiivien ylivalta kesti 1870-luvulle asti, jolloin kirkko sai takaisin entisen asemansa ja Hondurasin hallitus allekirjoitti konkordaatin (1861) Roomassa sijaitsevan Pyhän istuimen kanssa.
Vuoden 1871 jälkeen Justo Rufino Barriosin valtaannousu Guatemalassa vaikutti paluuseen kohti liberalismia Hondurasissa, jossa liberaali Marco Aurelio Soto astui presidentiksi (1876). Vuonna 1880 liberaalit antoivat uuden perustuslain, jolla pyrittiin kumoamaan konservatiivien työ, ja he myös siirsivät pääkaupungin Comayaguasta Tegucigalpaan. Viisi vuotta myöhemmin liberaalit osoittautuivat Hondurasissa ja muualla ensin kansallismielisiksi ja estivät Guatemalan yrityksen yhdistää Isthmus väkisin. Liberaalit hallitsivat maata vielä pitkälle 1900-luvulle asti ja kannustivat ulkomaisia investointeja ja talouskasvua, vaikka Honduras pysyi isthmusin köyhimpänä valtiona.