Hemagglutiniini, ryhmä luonnossa esiintyviä glykoproteiineja, jotka aiheuttavat punasolujen (erytrosyyttien) agglutinoitumista tai kasautumista yhteen. Näitä aineita esiintyy kasveissa, selkärangattomissa ja tietyissä mikro-organismeissa. Parhaiten karakterisoituja hemagglutiniineja ovat ne, jotka esiintyvät pinta-antigeeneina (vieraat proteiinit, jotka stimuloivat vasta-aineiden tuotantoa) influenssaviruksia sisältävän Orthomyxoviridae-heimon viruksissa ja useita patogeenisiä viruksia, kuten tuhkarokkoa aiheuttavia viruksia sisältävän Paramyxoviridae-heimon viruksissa.
Influenssavirusten hemagglutiniinin läsnäolo influenssavirusten pinnalla tekee viruksille mahdolliseksi sen, että ne pystyvät sitoutumaan isäntäeläimen solujen solujen pinnalla olevaan siaalihappoon. Tämä sitoutuminen helpottaa isännän tartuntaa ja edistää siten virusten virulenssia. Samanlaisen mekanismin uskotaan vaikuttavan tuhkarokkoviruksen tarttuvuuteen. Viruksen hemagglutiniini stimuloi isännän immuunijärjestelmän vasta-aineiden tuotantoa. Nämä vasta-aineet sitoutuvat hemagglutiniiniantigeenin osaan, jota kutsutaan epitoopiksi, ja merkitsevät siten viruksen immuunijärjestelmän tuhottavaksi. Influenssavirusten tapauksessa hemagglutiniinia koodaavien geenien mutaatiot voivat synnyttää uusia epitooppeja, joiden avulla virukset voivat välttyä vasta-aineiden tunnistamiselta. Nämä mutaatiot voivat johtua antigeenien ajautumisesta tai antigeenien siirtymisestä – prosesseista, jotka voivat synnyttää influenssaviruksia, jotka voivat aiheuttaa epidemioita tai pandemioita. A-tyypin influenssaviruksiin liittyy 16 hemagglutiniinimuotoa, joita kutsutaan nimillä H1-H16. Yhdessä neuraminidaasiksi kutsutun viruksen antigeeniproteiinin eri muotojen kanssa hemagglutiniinia käytetään influenssa A -virusten alatyyppien (esim. H1N1, H5N1) erottamiseen toisistaan.
Vasta-aineet viruksia vastaan, joilla on hemagglutiniiniantigeenejä, voidaan havaita hemagglutiniinin estotestillä. Jos henkilöllä tai eläimellä on tällaisia vasta-aineita, punasolujen agglutinaatio estyy (ks. serologinen testi).