Excavata
Kuten Rhizaria, Excavata (kuvat 5(e)-5(j)) on ensisijaisesti alkueläinten kokoelma, mutta siihen kuuluu myös yksi sekundaarilevien ryhmä. Excavataattien viimeisin yhteinen esi-isä oli flagellaatti (luultavasti vapaasti elävä bakteerisyöjä), jolla oli tyypillinen leveä syöntiura, ja useilla nykyisillä vapaasti elävillä ryhmillä on edelleen tämä perussolumuoto (Simpson, 2003; esim. kuva 5(f)). Kaivannaiset jaetaan kahteen pääalaryhmään, Metamonada ja Discoba (Hampl ym., 2009). Metamonadat polveutuvat yhteisestä esi-isästä, joka oli menettänyt kykynsä aerobiseen hengitykseen, ja näin ollen niillä on hyvin muuntuneita erilaisia mitokondrioita, joista puuttuu mitokondriogenomi (Cavalier-Smith, 2003; Stairs ym., 2015). Monet metamonadit ovat vapaana eläviä ja asustavat happiköyhissä meri- tai makeanveden ympäristöissä (esim. Kolisko et al., 2010; kuva 5(f)), mutta useista alaryhmistä on tullut eläinten erikoistuneita loisia tai symbiontteja. Suoliston loinen Giardia ja urogenitaalinen loinen Trichomonas vaginalis ovat erittäin yleisiä ihmisen patogeeneja (esim, Adam, 2001; Lehker ja Alderete, 2000), mutta myös monien puuta syövien termiittien takaruumiin symbioottisten metamonadien monimuotoisuus on hämmästyttävää (Brugerolle ja Lee, 2002a,b; kuva 5(e)).
Useimmilla Discoboilla on aerobisia mitokondrioita, joilla on organellarinen genomi, itse asiassa pienen flagellaattiryhmän Jakobida (esim, Reclinomonas ja Andalucia) mitokondriogenomit säilyttävät enemmän ainutlaatuisia geenejä ja enemmän bakteerien kaltaisia piirteitä kuin minkään muun eukaryootin genomit (Burger et al., 2013; Lang et al., 1997). Discoboihin kuuluvat myös Heteroloboseat (kuva 5(g)), joista monilla on vuorotellen ameeba- ja flagellaattivaiheita (pahamaineinen ”aivoja syövä ameeba” Naegleria fowleri on heterolobosea; ks. Visvesvara, 2013). Viimeiseen suureen Discoba-ryhmään, Euglenozoa, kuuluvat lukuisat alkueläinliekkeliöt, jotka ovat runsaita mikrobiologisten eukaryoottien pinta-assosioituneita bakteerinsyöjiä ja saalistajia (esim. ”bodonidit” kinetoplastidit ja fagotrofiset euglenidit; Boenigk ja Arndt, 2002; Larsen ja Patterson, 1990; kuva 5(j)). Siihen kuuluvat myös parasiittiset kinetoplastidit, jotka aiheuttavat ihmisille uniapneaa, Chagasin tautia ja leishmaniaasiaa (kaikki eri trypanosomatidien aiheuttamia; kuva 5(h)), sekä useita tärkeitä eläintauteja ja muutamia kasvitauteja (Simpson et al., 2006; Vickerman, 2002). Euglenozoa on myös taksonominen koti fotosynteettisille euglenideille, jotka ovat sekundaarileviä, joiden plastidi on peräisin viherlevästä (ks. edellä; kuva 5(i)).