Epäsuora kalorimetria mittaa O2-kulutusta ja CO2-tuotantoa. Jos oletetaan, että kaikki happi käytetään hajoavien polttoaineiden hapettamiseen ja kaikki näin syntyvä CO2 otetaan talteen, voidaan laskea tuotetun energian kokonaismäärä. Olisi oltava selvää, että ”energiantuotannolla” tarkoitetaan ravintoaineiden kemiallisen vapaan energian muuntamista ATP:n kemialliseksi energiaksi sekä jonkin verran energian häviämistä hapettumisprosessin aikana.Hengitysteiden epäsuora kalorimetria tai epäsuora kalorimetria (IC), kuten useimmat kirjoittajat sitä kutsuvat, on ei-invasiivinen ja erittäin tarkka menetelmä aineenvaihduntanopeuden määrittämiseksi, ja sen virhetaso on alle 1 %. Sen toistettavuus on hyvä, ja sitä on pidetty kultaisena standardimenetelmänä. Menetelmä mahdollistaa BEE:n ja REE:n arvioinnin sekä niiden energiasubstraattien tunnistamisen, joita elimistö metaboloi pääasiallisesti tiettynä hetkenä. Se perustuu makroravintoaineiden hapettumisen tuottaman lämmön epäsuoraan mittaukseen, joka arvioidaan seuraamalla hapenkulutusta (O2) ja hiilidioksidituotantoa (CO2) tietyn ajanjakson ajan. Kalorimetrissä on kaasunkeräin, joka mukautuu koehenkilöön, ja järjestelmä, joka mittaa O2:n ja CO2:n määrää ja pitoisuuksia minuutti minuutilta. Kalorimetri kerää ja mittaa yksisuuntaisen venttiilin kautta koehenkilön sisäänhengittämän O2:n ja uloshengitetyn CO2:n määrän ja pitoisuuden. Kun tilavuus on saavutettu, lepoenergiankulutus lasketaan Weirin kaavalla ja tulokset näytetään järjestelmään liitetyssä ohjelmistossa. Toinen käytetty kaava on:

M = V O 2 ( R Q – 0.7 0.3 e c + 1 – R Q 0.3 e f ) {\displaystyle M=VO_{2}\left({\frac {RQ-0.7}{0.3}}e_{c}e_{c}+{\frac {1-RQ}{0.3}e_{f}e_{f}\right)}

joissa RQ on hengityskertoimen suhde (tuotetun hiilidioksidin (CO2:n) tilavuuden suhdeluku (CO2-tilavuuden suhde kulutettuun hiilidioksidin (O2:n) tilavuuteen), e c {\displaystyle e_{c}}}

on 21,13 kilojoulea (5,05 kcal), hiilihydraatin hapettumisesta vapautuva lämpö litraa happea kohti, ja e f {\displaystyle e_{f}}

on 19,62 kilojoulea (4,69 kcal), rasvan arvo. Tämä antaa saman tuloksen kuin Weirin kaava, kun RQ = 1 (poltetaan vain hiilihydraatteja), ja lähes saman arvon, kun RQ = 0,7 (poltetaan vain rasvaa).⊅∑′