Andres Bonifacio syntyi Tondossa, Manilassa 30. marraskuuta 1863. Hän kasvoi slummeissa ja tunsi käytännön kokemuksesta yhteiskuntansa luokkataistelun todelliset olosuhteet. Hän jäi varhain orvoksi ja keskeytti peruskoulunkäyntinsä ansaitakseen elantonsa käsityöläisenä ja sittemmin Manilassa toimivien ulkomaisten kauppayhtiöiden kirjuri-kuljettajana ja asiamiehenä. Kun Bonifacio omaksui klassisen rationalismin oppeja José Rizalin teoksista, Victor Hugon Les Miserables -teoksesta, Eugène Suen Vaeltava juutalainen -teoksesta, Ranskan vallankumousta käsittelevistä kirjoista ja Yhdysvaltojen presidenttien elämästä, hän oppi ymmärtämään yhteiskunnallis-historiallisen prosessin dynamiikkaa. Tämä sai hänet liittymään Liga Filipina -liigaan, jonka Rizal järjesti vuonna 1892 tarkoituksenaan yhdistää ja tehostaa kansallismielistä uudistusliikettä.
Kun Liga lakkautettiin Rizalin pidätyksen ja karkotuksen jälkeen, Bonifacio perusti Katipunanin vuonna 1892 ja tarjosi siten kokoontumispaikan kansan agitaatiolle vapauden, itsenäisyyden ja tasa-arvon puolesta. Katipunan mukaili vihkimisriittejään vapaamuurariuden mukaan, mutta sen ideologiset periaatteet olivat peräisin Ranskan vallankumouksesta, ja sitä voidaan pitää radikaalina materialistis-historialliselta suuntaukseltaan. Katipunan korosti työtä kaiken arvon lähteenä. Se kiinnitti huomiota siirtomaajärjestelmän epäoikeudenmukaiseen luokkarakenteeseen, alkuperäisväestön lisääntyneeseen hyväksikäyttöön ja näin ollen tarpeeseen vahvistaa työväenjoukkojen kollektiivista voimaa epäoikeudenmukaisen järjestelmän tuhoamiseksi.
Kun yhdistys löydettiin 19. elokuuta 1896, siinä oli noin 10 000 jäsentä. Elokuun 23. päivänä Bonifacio ja hänen seuraajansa kokoontuivat Balintawakiin ja sopivat aseellisen taistelun aloittamisesta. Kaksi päivää myöhemmin käytiin ensimmäinen kahakka, ja pian seurasi espanjalaisten hirmuhallitus.
Konflikti jakoi kapinalliset kahteen ryhmään Magdiwangiin ja Magdaloon Caviitessa Luzonilla. Bonifacio kutsuttiin sovittelijaksi, mutta Caviten klaanimainen keskiluokka torjui hänet. Kenraali Emilio Aguinaldo, väliaikaisen vallankumoushallituksen presidentiksi valittu kenraali Emilio Aguinaldo, piti Bonifacion ja hänen veljiensä suunnitelmia hajottavina ja yhtenäisyyttä haittaavina, ja määräsi Bonifacion ja hänen veljiensä pidätettäväksi, tuomittavaksi ja teloitettavaksi ”maanpetoksesta ja kapinasta”. Toukokuun 10. päivänä 1897 Bonifacio teloitettiin.
Vastoin yleistä käsitystä Bonifacion traagisen kuoleman syynä muiden filippiiniläiskapinallisten käsissä ei voi pitää pelkästään hänen henkilökohtaista ylpeyttään. Pikemminkin luokkavoimien korrelaatio ja Bonifacion ryhmän seikkailunhaluinen suuntaus johtivat Bonifacion eristämiseen ja sittemmin Aguinaldon kompromisseihin amerikkalaisten sotilaallisten valloittajien kanssa.